NO es necesario realizar esta instalación pues la última versión de anvio ya está instalada y disponible a todos a través de CONDA:
$ conda activate anvio-7
Para instalar Anvi'o en nuestra cuenta en Biobacter, se pueden realizar los siguientes pasos, para instalarlo en una Mac, es igual, sin embargo primero hay que instalar algunos programas que no vienen por default en MacOSX:
$ xcode-select --install
$ sudo easy_install pip
$ sudo pip install --upgrade pip
$ pip install virtualenv
$ mkdir ~/virtual-envs/
$ virtualenv -p python3.6 ~/virtual-envs/anvio-5.5
$ source ~/virtual-envs/anvio-5.5/bin/activate
$ python --version
$ which pip
debe salir algo similar a:
Python 3.6.5
/aguachile/user/virtual-envs/anvio-5.5/bin/pip
$ pip install numpy
$ pip install scipy
$ pip install cython
$ pip install anvio
Si alguno marca error, probar instalarlo con sudo antes
$ anvi-self-test --suite mini
El resultado de este test es un archivo html que se despliega en la terminal ya que aún no tenemos redireccionada la salida a un navegador en nuestra compu, para salirse de ahí teclear Ctrl c
Una vez instalado, de una vez crear el archivo para visualización remota de resultados (copiar y pegar lo siguiente):
cat << EOF > $(python -c "import os; print(os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(os.__file__)), 'webbrowser.py'))")
def open_new(url):
print("OPEN_ON_LOCAL[" + url + "]")
def register(*args, **kwargs):
pass
def BackgroundBrowser(*args, **kwargs):
pass
EOF
Otra opción de instalación es con conda, para esto podemos en la Mac bajar el Miniconda, que tenga una versión python que no sea 3.7 de aquí, por ejemplo la Miniconda3-4.5.1-MacOSX-x86_64.pkg, darle dos click para instalarla y luego abrir una terminal para proseguir:
Actualizar conda:
$ conda upgrade -n base conda
instalar anvio:
$ conda create -n anvio5 -c bioconda -c conda-forge anvio=5.5.0