Visualización de Anvi'o

Visualización remota

Como normalmente los análisis de Anvi'o se realizan en un servidor, pero la visualización y manipulación se tiene que hacer en un navegador (se recomienda usar Chrome) en nuestra computadora personal, para lograr esto tenemos dos opciones:

Bajar los archivos esenciales a nuestra computadora, que además tiene que tener también instalado Anvió, o
Lograr que el servidor mande la señal a nuestra computadora.

Para lograr que el servidor mande la señal del navegador a nuestra compu, tenemos que hacer algunos pasos que están explicados a detalle aquí, pero básicamente, para una Mac o Linux crear dos archivos, uno en la computadora personal y otro en la instalación de Anvi'o en el servidor remoto:

Computadora personal

Crear un alias en la computadora personal con sistema operativo Mac o Linux (sorry Windows), editar con nano el archivo .bash_profile:

$ nano ~/.bash_profile

agregar el siguiente comando al final del archivo, en vez de user poner el nombre de usuario, el IP es el interno del CIAD, pero puede ponerse el externo:

alias anvio="ssh -L 8080:localhost:8080 user@192.168.1.78 | tee /dev/tty | python3 ~/.ssh/run_webbrowser.py"

Ahora hay que crear un simple script en bash para que capte la señal del servidor y la mande al navegador por defecto, crear un archivo llamado run_webbrowser.py con nano:

$ nano ~/.ssh/run_webbrowser.py

A este archivo pegarle el siguiente texto:

import sys

import webbrowser

for line in sys.stdin:

    if "OPEN_ON_LOCAL[" in line:

        line = line.replace("0.0.0.0", "127.0.0.1")

        webbrowser.open(line.split("OPEN_ON_LOCAL[")[1].split("]")[0])

Se puede entonces abrir una nueva terminal en Mac y simplemente llamar el alias que creamos anteriormente:

$ anvio

Servidor remoto

Crear un archivo en la instalación personal de anvio en el servidor, se puede pegar y copiar los siguiente una vez que se haya activado anvio:

activar anvio

$ source ~/virtual-envs/anvio-5.x/bin activate

Donde anvio-5.x es la versión de la instalación de Anvi'o que tengamos.

2. Copiar y pegar el siguiente texto y listo

cat << EOF > $(python -c "import os; print(os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(os.__file__)), 'webbrowser.py'))")

def open_new(url):

    print("OPEN_ON_LOCAL[" + url + "]")

def register(*args, **kwargs):

    pass

def BackgroundBrowser(*args, **kwargs):

    pass

EOF

Posibles problemas detectados

Comunicación con el puerto

En caso que no se pueda establecer una comunicación por que el puerto no corresponde, hay que modificar el alias anterior para que tenga el puerto al que está el servidor tratando de enviar la info; por ejemplo, si el servidor pide el puerto 8081, cambiar de

 $ alias anvio="ssh -L 8080:localhost:8080 user@192.168.1.78 | tee /dev/tty | python3 ~/.ssh/run_webbrowser.py"

a :

 $ alias anvio="ssh -L 8081:localhost:8081 user@192.168.1.78 | tee /dev/tty | python3 ~/.ssh/run_webbrowser.py"

salir y volver a entrar.

Python3

Es necesario que se tenga instalado python 3 en la Mac o Linux, si no está hay que instalarlo:

MacOSX

Instalar Homebrew y luego python3

$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

$ brew install python

Checar si se instaló bien y la versión

$ python3 --version

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