La metagenómica shotgun o funcional secuencia todo el ADN que existe en una muestra y puede ser usada para:
Debido a la gran cantidad de secuencias que normalmente se producen en metagenómica, no es factible analizarlas en una laptop o computadora personal sino que debe utilizarse un servidor bioinformático como Biobacter.
La limpieza de las secuencia obtenidas es similar a la que se hace para genómica o metagenómica del 16S y depende de si las secuencia vienen una sola (Ion Torrent o Illumina) o en pares (pair end de Illumina).
Ensamble
Normalmente no se recomienda ensamblar las lecturas en contigs para analizarla para determinar las funciones que están realizando los microorganismos en las muestras, salvo para algunas otras aplicaciones, como la generación de genomas de muestras metagenómicas.
De las secuencias limpias pueden obtenerse el número relativo de taxa bacterianos presentes, ya que también se tienen lecturas del gen 16S ribosomal y claro, todos los demás genes.