Este análisis nos permite comparar la similitud de nucleótidos entre dos genomas bacterianos para determinar si pertenecen o no a la misma especie. Cepas de la misma especie deben tener una similitud superior al 95-96% con alguno o ambos métodos de comparación, MUMmer o blast (ANIm o ANIb, respectivamente). También el análisis de tetranucleóticos (TETRA) debe salir superior a 99% (Richter & Roselló-Mora 2009).
Existen dos variantes de este análisis:
Este análisis lo podemos hacer tanto en páginas online como en nuestra computadora o en un servidor.
Aquí describiremos el proceso para utilizar pyani en el servidor BIOBACTER.
Si los archivos no tienen la extensión adecuada, se puede cambiar ésta con el comando rename; por ejemplo, si tiene la extensión .fna_nt se debe usar:
$ rename "s/fna_nt/fasta/" *.fna_nt
Comando para calcular ANI:
$ average_nucleotide_identity.py -i input_folder -o output_folder -m method -g
-i el folder donde están los genomas y solo los genomas en formato fasta.
-o el folder que se creará con los resultados, puede ser cualquier nombre pero no debe ser creado previamente ya que el script lo creará (ver abajo -f).
-m el método de análisis: ANIm, ANIb o TETRA
comando opcionales
-g para crear un heatmap con los resultados.
-f sobre escribe los archivos en un folder existente
Este análisis lo podemos realizar también online, en la compu o en el servidor.
gANI en el servidor BIOBACTER
$ prodigalrunner genome.fasta
2. Con los archivos generados anteriormente (.fna) correr el script gANI.
$ gANI -genome1fna FILE1.fna -genome2fna FILE2.fna -outfile ANI.txt
-genome1fna El archivo con los ORF del primer genoma en formato .fna
-genome2fna El archivo con los ORF del segundo genoma en formato .fna
-outfile El nombre de un archivo de texto donde escribirá los resultados.