Metagenomica de mucus

Se tienen datos de un muestreo realizado de mucus de corales sanos, medio enfermos y enfermos (según el color registrado con ColorWatch chart; 6, 4 y 2 respectivamente) en dos localidades; tres muestras de cada uno. En total se tienen 18 muestras.

Se tienen que analizar estas muestras para encontrar diferencias en las estructura de la comunidad bacteriana entre alguna de las muestras: localidad y/o estado de salud.

Se pueden seleccionar solo algunas muestras para que el análisis sea mas rápido pero las suficientes para poder realizar estadísticas.

La secuenciación de las 18 muestras generó 378,376 lecturas (Prom. 21,020 por muestra).

Procedimiento

1. Preparar los metadatos
2. Limpiar secuencias de cada muestra
   • archivos: coral_mucus_barcodes.zip y map.txt
3. Concatenar todas las secuencias de las muestras que se vayan a analizar
   • usar $ cat
4. Analizar con QIIME
5. Presentar los resultados en gráfica
   • Excel y KRONA
6. Analizar estadísticamente los resultados para encontrar diferencias significativas
   • STAMP

Los datos para estos análisis de pueden bajar de aquí: datasets.zip