京都大学大学院人間・環境学研究科で助教をしています(Google Scholar)
専門は植物の種分化学(系統地理,生態的種分化)。特殊環境でのゲノム進化,新種植物の記載や保全遺伝学などにも関心を持っています。
研究のスタイル:フィールド調査とゲノム分析を組み合わせた研究
コンタクト方法:メールでお問合せください(sakaguchi.shota.6a[at]kyoto-u.ac.jp, 送付の際は[at]を[@]に変更してください)
2008年3月 京都大学農学部 森林科学科 卒業
2010年3月 京都大学大学院 農学研究科 森林科学専攻修士課程修了
2010年4月 日本学術振興会 特別研究員DC1
2013年3月 京都大学大学院 農学研究科 森林科学専攻博士課程修了(農学博士;井鷺裕司教授主査)
2013年4月 日本学術振興会 特別研究員PD(東京大学総合文化研究科;伊藤元己教授受入)
2015年11月- 京都大学大学院人間・環境学研究科 助教
2018年4月-2023年3月 京都大学大学院地球環境学堂 助教(人間・環境学研究科との併任)
研究(とくにフィールド調査)
植物の栽培(園芸も好き!)
カッコいい植物を見つけること
老齢林巡り
日本生態学会宮地賞(第28回)
森林遺伝育種ベストアクセス賞(年間ベストアクセス部門およびゴールデンアクセス部門, 2024年度)
2022年度 クリタ水・環境科学研究優秀賞
日本植物分類学会・2021年度論文賞
日本植物分類学会・2017年度奨励賞
日本森林学会・2013年度学生奨励賞
日本生態学会・第11回Ecological Research論文賞
種生物学会・Plant Species Biology Best Paper Award 2014
Ecological Society of Japan/EAFES・Best Poster Award 2012 in Biodiversity session
日本生態学会・第56回大会・最優秀ポスター賞 (植物個体群部門)
日本生態学会・第55回大会・優秀ポスター賞 (生態系管理部門)
日本植物分類学会・第14回大会・口頭発表賞
日本学生支援機構 平成21年度 特に優れた業績による返還免除
Molecular Ecology's 300 best reviewers 2015
Molecular Ecology's 300 best reviewers 2014
日本生態学会
Ecological Research associate editor in chief (2022年-)
Ecological Research handling editor (2017年-2022年)
近畿地区委員 (2022年-)
ESJ73京都大会・大会実行委員会 (2025-2026年)
ER誌特集号編集:Ultramafic Ecosystems [vol. 33 (3) and vol. 33 (4)]
ER誌特集号編集:Ultramafic Ecology: Proceedings of the 10th International Conference on Serpentine Ecology [vol. 39(4) and vol. 39(6)]
ER誌Virtual Issue編集:Virtual Issue of Ultramafic Ecology
日本植物分類学会
ウェブサイト・メールニュース幹事 (2020年-2023年)
森林遺伝育種学会
大会主事(2020年-2024年)
シンポジウム主事(2020年-2024年)
10周年記念出版事業委員
10周年記念シンポジウム事業委員
JSPS二国間交流事業 「生物多様性ゲノミクス:日華植物区系キーストーン種の多様性形成・保全・利用法の探索」 研究代表者 (2025.4-)
科研費:基盤B「人為選択実験と全ゲノム分析による植物の適応進化過程の復元」24K02098 研究代表者 (2024.4-)
科研費:基盤S「日本列島の森林生態系の形成過程の解明」24H00055 研究分担者 (2024.4-)
科研費:基盤B「小笠原固有樹木種の全ゲノム比較による適応遺伝子の探索と進化メカニズムの解明」研究分担者 (2024.4-)
科研費:基盤C「矮化オオバコの適応進化ーエピジェネティックな変化による進化の検証」研究分担者 (2024.4-)
大阪公立大学附属植物園 過去に学び未来を拓く 植物多様性保全研究・教育拠点 2023 年度共同利用・共同研究「タチツボスミレ類の系統分類学的研究 -未記載種の特定,分類再検討,絶滅危惧種の保全 」研究代表者(2023.5-2024.3).
科研費:学術変革領域研究(A)「デジタルバイオスフェア:地球環境を守るための統合生物圏科学」21A403 研究協力者 (2022.4-)
科研費:基盤B「生態ゲノミクスによる野生植物の平行進化機構の解明」21H02565 研究代表者 (2021.4-2024.3)
ムーンショット型農林水産研究開発事業「サイバーフィジカルシステムを利用した作物強靭化による食料リスクゼロの実現」研究分担者 (2020.12-2025.3)
公益財団法人市村清新技術財団 植物研究助成「富士山地域の新種植物『フガクヤシャビシャク』の分布生態に関する研究」研究代表者 (2020.4-2021.3)
公益財団法人三菱財団 自然科学研究助成「迅速な環境適応をもたらす進化メカニズムの解明:寒い高山と暑い特殊土壌地帯で早期開花性はどのように進化したのか?」研究代表者 (2019.10-2020.9)
公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団研究助成「ダムに沈んだ絶滅危惧植物の保全個体群の遺伝的評価」研究代表者(2019.10-2020.9)
「自然首都・只見」学術調査研究助成「ゲノム分析による多雪地植物(ブナとユキツバキ)の個体数変化の推定」研究代表者 (2019.6-2020.3)
公益財団法人 日本生命財団 学際的総合研究助成「森里連環学に基づく豊かな森と里の再生:「芦生 (あしう) の森」における研究者と地域との協働に基づく学際実践研究」研究分担者 (2018.10-2020.9)
公益信託 タカラ・ハーモニストファンド助成「生育地外保全による京都府芦生地域の希少植物保護」研究代表者 (2018.6-2019.6)
科研費:若手「キク科植物の交配前隔離に関わるゲノム領域の特定」18K14778 研究代表者 (2018.4-2020.3)
環境研究総合推進費「希少植物の自生地復元に向けた問題解決と基盤整備:希少植物はなぜ希少なのか?」研究分担者 (代表:瀬戸口浩彰) (2017.4-2020.3)
科研費:基盤B「植物の生態型分化機構研究:アキノキリンソウ群多様化の比較ゲノム解析」 16H04827 研究分担者 (代表:伊藤元己) (2016.4-2020.3)
科研費:基盤B「オーストラリアの乾燥環境勾配に沿った染色体数減数現象の解析」 16H0576 研究分担者 (代表:伊藤元己) (2016.4-2020.3)
JST 国際科学技術共同研究推進事業 「日華植物区系区の暖温帯林におけるキーストーン植物の系統多様化と遺伝的変異分布パターンの 時空間解析」 研究分担者 (代表:井鷺裕司) (2015.11-2019.3)
JSPS二国間交流事業 「日華植物区系における主要植物の系統・ 種分化をもたらす時空メカニズムの解明」 研究分担者 (代表:井鷺裕司) (2015.4- 2017.12)
科研費:若手B 「ニューカレドニアにおけるヒノキ科2属の平行的な生態的種分化の解明」 26850098 研究代表者 (2014.4-2017.3)
日本学術振興会特別研究員研究奨励費 (PD) 「生態ゲノミクスで豪州ヒノキにおける環境適応プロセスを復元する」 13J06059 (2013.4- 2016.3)
科研費:基盤B 「植物の超塩基性土壌への適応進化:シュンジュギクの比較ゲノム解析」 25291085 研究分担者 (代表:伊藤元己) (2013.4-2016.3)
日本学術振興会特別研究員研究奨励費 (DC1) 「ヒノキ科樹木における環境適応プロセスの遺伝的解明」10J04530 (2010.4-2013.3)
農林水産省 「野生鳥獣による森林生態系への被害対策技術開発事業」 共同研究者 (2011.10-2013.3)
ProNatura Fund 「ニホンジカによる過採食が芦生の冷温帯天然林の生物多様性と生態系機能に及ぼす影響の解明」 共同研究者 (2008.10-2011.10)
横浜国立大学教育人間科学部「生物学特講II」担当(2013年後期;全15回) [1. はじめに, 2.進化とは何か, 3. 遺伝学の基礎, 4. 形質遺伝 学, 5. QTLと集団遺伝学, 6. 系統地理学, 7. 種分化, 8. 系統学, 9. 生命史1(生命の誕生), 10. 生命史2(多細胞生物の誕生), 11. 植物の進 化史1(植物の上陸まで), 12. 植物の進化史2(陸上植物の多様化), 13. 植物の特殊環境への適応, 14. 植物をめぐる生物間相互作用, 15. 植物保全遺伝学]
お茶の水大学「植物系統学実習」分担(2014年前期, 2015年前期)
お茶の水大学「植物系統学臨海実習」分担(2014年前期, 2015年前期)
東京大学「水族遺伝育種学」分担 (2016年前期集中)1. 集団遺伝学の基礎, 2. 集団の分化, 3. 遺伝情報と空間データの接点
神戸大学「現代の生物学I」(2018年前期)1. 生態的種分化,2. アキノキリンソウの生態遺伝学
東京大学「生産・環境生物学特別講義」(2021年前期)「極限土壌での植物の種分化」
北海道大学「生物圏科学特別講義Ⅰ」(2021年後期)「植物の種分化学 概論」1. 種分化ことはじめ,2. 集団遺伝学の基礎(集団内多型),3. 集団遺伝学の基礎(集団間分化),4. 種分化における非中立過程,5. 繰り返しの進化,6. 種分化における交雑の多様な働き
東京大学「生物科学特別講義」(2022年後期)「植物種分化における適応と地理の役割」
北海道立総合研究機構(2017年)
National Institute for Agricultural Research of Tunisia (2018年)
韓国・梨花女子大学 (2018年)
大阪市立大学(2021年)
秋田県立大学(2021-2022年)
東北大学 (2022年)
北海道大学(2024年 & 2025年)
兵庫県立森林林業技術センター(2025年)
Molecular Ecology
Proceedings of the Royal Society B
PLOS ONE
Plant Cell and Physiology
Annals of Botany
Heredity
Scientific Reports
BMC Evolutionary Ecology
BMC Plant Biology
Molecular phylogeny and evolution
Journal of Biogeography
Tree Genetics and Genomes
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Ecology and Evolution
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