En el libro "PREXIT: Forjando el camino a la soberanía puertorriqueña", Javier A. Hernández propone una forma de gobierno republicano, federalista, democrático y parlamentario para la nueva República de Puerto Rico.
Puerto Rico se convertiría en una república democrática soberana con una estructura e instituciones gubernamentales federales y parlamentarias divididas en cuatro ramas de gobierno:
Poder Ejecutivo: Representado por el Consejo Presidencial
Poder Legislativo: Representado por el Parlamento puertorriqueño
Poder Judicial: Representado por la Corte Suprema de la República
Poder Electoral: Representada por la Comisión Nacional Electoral
A nivel nacional, el gobierno de la República de Puerto Rico estaría descentralizado administrativamente a través del territorio nacional, no ubicado en su totalidad en San Juan por razones estratégicas, democráticas y económicas. En el libro "PREXIT: Forjando el camino a la soberanía puertorriqueña", Javier A. Hernández propone la siguiente descentralización: