En el libro "PREXIT: Forjando el camino a la soberanía puertorriqueña", Javier A. Hernández propone una estructura organizativa preliminar para las FDN (las Fuerzas Armadas de Puerto Rico), inspirada en las estructuras organizativas y los modelos de fuerzas militares y de seguridad pequeñas pero robustas de países como Israel, Singapur, Taiwán y otras naciones:

FDN-Milicia Nacional: cuerpos de milicias terrestres organizados en comandos regionales, cuerpos de infantería, brigadas, fuerzas internacionales de mantenimiento de la paz, grupos de manejo de emergencias y cuerpos de ingenieros. Los puertorriqueños de la diáspora también podrán alistarse para servir en las FDN a través del programa de la diáspora.

FDN-Fuerza Marítima: Cuerpo de Defensa Naval, Servicio de Seguridad Marítima, grupos médicos marítimos, Grupo de Operaciones Marítimas y batallones de servicios marítimos.

FDN-Fuerza Aereonáutica: compuesto por la Fuerza Aérea de Puerto Rico, la Brigada de Drones, los Escuadrones de Helicópteros y el Grupo de Operaciones Aeronáuticas para defender los intereses aéreos y aeroespaciales de Puerto Rico.

FDN-Gendarmería: fuerza de seguridad fronteriza y portuaria, protección del gobierno y las instalaciones FDN, y una división que maneja los asuntos internos y las investigaciones FDN.

FDN-Cuerpo de Operaciones Estratégicas: una unidad de élite de milicia puertorriqueña y expertos en operaciones especiales.

FDN-Brigada Extranjera: una rama de servicios auxiliares compuesta principalmente por extranjeros voluntarios (principalmente latinoamericanos de habla hispana, hispanoamericanos y ecuatoguineanos) que se contratan y se alistan para servir en las FDN como miliciano profesional durante un período de seis años para fortalecer la Milicia Nacional en misiones nacionales y extranjeras. Al finalizar su servicio, el extranjero con residencia civil será recompensado con la ciudadanía puertorriqueña, el derecho a residir / trabajar / votar en Puerto Rico con su familia y un paquete de beneficios de servicio. También se considerarían otros extranjeros calificados y talentosos.

FDN-Brigada de Mantenimiento de la Paz: una rama de servicio auxiliar de la Milicia Nacional compuesta por personal profesional de la milicia capacitados para apoyar las misiones de mantenimiento de la paz de la ONU en el extranjero.

FDN-Grupo de Contraterrorismo: planearía y conduciría todas las operaciones antiterroristas, operaciones de armas de destrucción masiva (ADM), realizar rescates de rehenes, reconocimiento y operaciones de acción directa.

Fuerza Expedicionaria FDN: la única unidad FDN autorizada para operar en misiones militares en el extranjero en defensa de la soberanía, integridad territorial e intereses nacionales puertorriqueños y en apoyo de las fuerzas aliadas y de las Naciones Unidas para defender la democracia, la paz mundial y la seguridad.

Comando de Operaciones Estratégicas Conjuntas de las FDN: el comando central de las FDN que planifica y lleva a cabo ejercicios y entrenamiento de operaciones especiales conjuntas, asegura la compatibilidad de comunicaciones entre todas las fuerzas conjuntas y supervisa todas las misiones especiales en Puerto Rico y en el extranjero. El FDN-COEC tendría relaciones operativas con otras fuerzas especiales y unidades de seguridad extranjeras y de Puerto Rico.

Reservas de las FDN: una división de reserva compuesta por veteranos de las FDN y ciudadanos voluntarios.

FDN-Estado Mayor: el comando administrativo supremo de las FDN.