La existencia del Riachuelo fue el factor determinante para la fundación de Buenos Aires en su ubicación actual. El Riachuelo era el unico puerto natural que protegía a los buques del viento en kilometros de costa, vecino a una meseta con suficiente altura no inundable
El cauce inferior del Riachuelo en el siglo XVII era muy diferente al actual. Cerca de la desembocadura actual, el curso del río giraba hacia el Norte, por la actual Dársena Sur del Puerto Madero hasta encontrarse con el Río de la Plata en las cercanías del actual parque Lezama. La original Boca del Riachuelo de los Navíos se ubicaba aproximadamente a la altura de la actual calle Humberto I ya que un banco de lodo, arena y una isla anegadiza cubierta principalmente de “juncales” desviaba provocando un recodo hacia el norte casi 90° al Riachuelo, hacia la desaparecida Isla de los Pozos, hoy cubierta por las dársenas y rellenos.
En la década de 1780 se abrió un paso entre el recodo mencionado y el Río de la Plata, llamado «boca del Trajinista», formando una isla en la margen izquierda del Riachuelo (Isla Demarchi).
Entre 1800 y 1810 cobró relevancia la actividad ganadera en la zona de la Cuenca. Se instalaron saladeros en las orillas del Riachuelo que oficiaba de puerto natural. El río comenzó a recibir los restos sobrantes de las producciones y comenzó a contaminarse.