Aguas arriba del rió Paraná, desde su confluencia (km 1.240) con el río Paraguay, no es parte de la Hidrovía, ya que si bien por su profundidad permite la navegación de barcazas, el tránsito es escaso por la inexistencia de puertos del lado argentino y muy precarios del lado paraguayo, por problemas de mantenimiento en la esclusa de navegación de la represa de yacyretá, y a la falta de ayudas a la navegación.

La Hidrovía Paraná-Tieté no tiene conexión con la Hidrovía Paraná-Paraguay. Se encuentra el obstáculo de la Represa de Itaipú con un desnivel de 120 metros.