Perancangan untuk menubuhkan sebuah sekolah rendah di kawasan Ayer Keroh pada ketika itu diusulkan oleh kerajaan negeri Melaka kerana pertambahan secara pesat penduduk di kawasan Ayer Keroh dan juga sekolah-sekolah yang berdekatan seperti Sekolah Kebangsaan Bukit Beruang dan Sekolah Kebangsaan Dato Demang Hussin tidak mampu untuk menampung bilangan murid-murid yang semakin ramai. Tapak untuk mendirikan sekolah ini telah dikenalpasti iaitu bersebelahan dengan Sekolah Menengah Sains Muzaffar Shah dan projek pembinaan sekolah baru di Ayer Keroh telah dimulakan secara rasmi pada tahun 1997.

Sekolah ini siap sepenuhnya pada tahun 1998 dan pengambilan murid-murid dimulakan pada tahun 1999. Murid-murid yang menetap di kawasan Ayer Keroh tetapi bersekolah di sekolah lain juga dipindahkan ke sini. Pengambilan pertama sekolah ini menyaksikan hampir 750 orang murid mendaftar di sekolah ini. Pada ketika itu, seramai lebih kurang 35 orang staf yang terdiri daripada 30 orang guru dan 5 orang staf di pejabat sekolah mula berkhidmat di sekolah ini.

Dari tahun ke tahun, pertambahan bilangan murid-murid yang semakin bertambah menyebabkan sekolah ini menambah blok baru yang menempatkan makmal komputer.

Sekolah telah menerima watikah pelantikan sebagai Sekolah Program Transformasi Kohort 5 pada 3.2.2020 oleh PPD Melaka Tengah Tuan Abu Bakar bin Awang di Sekolah Menengah Bukit Katil.