本研究室的前身係「當代儒學研究室」，成立於1993年，其宗旨在於推動當代儒學研究計畫，蒐集有關當代儒學研究之相關資料，迄今已經累積相當的成果，並達成了階段性的目標。 2012年起本研究室擴大研究範圍，改名為「比較哲學研究室」，致力於從東亞與世界的角度推動哲學的對話與思想的創造，在既有研究成果的基礎上繼續發展，並為國內外學者提供資訊服務。人員配屬有研究人員六名及約聘研究助理一名，負責相關研討會之籌畫與執行、《當代儒學研究叢刊》之編輯，以及相關研究資料之蒐集。本研究室蒐藏之資料包括牟宗三、徐復觀、黃振華之手稿、筆記及相關剪報資料、《再生》雜誌影本(自創刊號至第三卷)、《孔教報》影本、有關當代儒學研究之大陸期刊論文及其他研究資料等。

本研究室多年來之工作成果如下：

1.推動「當代儒學主題研究計畫」三期工作。第一期計畫（1993年8月至1996年7月）共舉辦了三次小型研討會及「儒學與現代世界」國際研討會，第二期計畫（1996年8月至1999年7月）共舉辦了四次小型研討會及「儒家思想在現代東亞」國際研討會，第三期計畫（1999年8月至2003年1月）共舉辦三次小型研討會及「當代儒學與西方文化」國際研討會。

2.推動「理解、詮釋與儒家傳統」研究計畫（2003年2月至2006年1月）與「跨文化視野下的東亞宗教傳統」研究計畫（2006年2月至2009年1月）與「跨文化哲學中的當代儒學」研究計畫（2009年2月至2012年1月），其間各自舉辦了三次小型研討會與一次大型國際會議。

3.自2012年2月起，推動為期三年的「近代東亞與西方思想交流中的跨文化現象」計畫。

4.計畫之研究成果經編輯後收入本所《當代儒學研究叢刊》，迄今已出版《當代儒學之自我轉化》、《當代儒學論集：傳統與創新》、《當代儒學論集：挑戰與回應》、《儒家思想與現代世界》、《儒家思想的現代詮釋》、《儒學與現代民主》、《儒家思想在現代東亞：總論篇》、《儒家思想在現代東亞：日本篇》、《儒家思想在現代東亞：中國大陸與臺灣篇》、《儒家思想在現代東亞：韓國與東南亞篇》、《儒家思想意涵之現代闡釋論集》、《現代儒家與東亞文明：問題與展望》、《現代儒家與東亞文明：地域與發展》、《馮友蘭哲學生命歷程》、《現代新儒學之省察論集》、《當代儒學與西方文化：哲學篇》、《當代儒學與西方文化：歷史篇》、《當代儒學與西方文化 : 宗教篇》、《當代儒學與西方文化：會通與轉化》、《理解詮釋與儒家傳統：理論篇》、《理解、詮釋與儒家傳統：個案篇》、《理解、詮釋與儒家傳統：展望篇》、《理解、詮釋與儒家傳統：比較觀點》、《理解、詮釋與儒家傳統：中國觀點》、《跨文化視野下的東亞宗教傳統：多元對話篇》、《跨文化視野下的東亞宗教傳統：體用修證篇》、《跨文化視野下的東亞宗教傳統：當代新儒學與京都學派》、《猶太與中國傳統的對話》等。

5.與德國萊比錫大學東亞研究所合作編輯Der Konfuzianismus. Ursprünge – Ent- wicklungen – Perspektiven 一書，與美國Temple大學合作編輯Confucianism in Dialogue Today一書。

6.編輯相關的研究資料，包括《徐復觀雜文補編》六冊、《徐復觀家書集》一冊。

7.協助《牟宗三先生全集》（聯經出版公司）及《李春生著作集》（南天書局）之編輯工作。