Caxias foi tornada município em 1890, na esteira da Proclamação da República. Manteve seu nome original. A Comissão de Terras e Colonização continuou atuando no município.
O município herdou o território da ex-colônia e iniciou a administração de seus recursos próprios. As primeiras autoridades municipais foram nomeadas pelo governo do estado.
Na década de 1890, a Colônia Caxias era conhecida como “o berço da colonização italiana no RS”. Os negócios prosperavam, a população clamava pela emancipação, reivindicava a vinda do trem.
Em 20 de junho de 1890, através do Ato n.° 257, a Freguesia de Santa Teresa de Caxias foi elevada à condição de Vila, constituindo-se um município autônomo.
Para dirigi-lo, provisoriamente, foi nomeada a Junta Governativa: Ângelo Chitolina, Ernesto Marsiaj e Salvador Sartori, que concentrou os Poderes Legislativo e Executivo. Em outubro foram eleitos os sete membros para compor o Conselho Municipal. A Junta e o Conselho administraram o município até julho de 1892, quando foi nomeado o primeiro Intendente, Antônio Xavier da Luz.
No ano de 1892 foi promulgada a Lei Orgânica e, no ano seguinte, o Código de Posturas. Em meio aos atos administrativos e jurídicos, o núcleo urbano ampliava-se. A ocupação desordenada do espaço inquietava as autoridades.
A administração pública municipal se divide em dois períodos, com denominações diferentes para o Executivo Municipal: a Intendência Municipal de Caxias (1892-1930) e, após 1930, a Prefeitura Municipal.
No ano de 1897, o presidente do Estado, Júlio de Castilhos, em visita à Caxias, apelidara-a de “Pérola das Colônias” em reconhecimento ao seu florescimento, prometendo à comunidade local, a construção de uma estrada de ferro. No limiar do século XX no Município de Caxias havia 16 mil habitantes. A produção agrícola e industrial era diversificada, atendia as necessidades de subsistência e gerava excedente para outros mercados, especialmente São. Sebastião do Caí e os Campos de Cima da Serra. A agricultura e a indústria incorporaram novas tecnologias, buscando mercados cada vez mais distantes. Com esse intuito, os produtores locais participavam de feiras e exposições realizadas em Porto Alegre. Caxias se destacava como um centro produtor de vinhos, de gêneros alimentícios e de artefatos industriais, assumindo a liderança dos municípios da região. Entretanto, a prometida estrada de ferrovia não chegava, então, produtores e comerciantes se uniram para exigir das autoridades a estrada de ferro e melhores condições para a produção.
Em 1905, iniciou a construção do ramal ferroviário que ligaria Caxias a Porto Alegre e a outros centros urbanos. Enquanto esperava pelo trem, a Vila ansiava ser cidade.