Habang naglalakbay sa kakahuyan, si Ash at ang kanyang mga kaibigan ay nakatagpo ng isang hindi kilalang Pokémon sa bag ni Bonnie na tila isang napakaseryosong target kapag lumitaw ang isang misteryosong koponan sa pag-asang mahuli ito. Nagpasya ang gang na protektahan ito at subukang alamin kung bakit napakahalaga nito sa hindi kilalang koponan.