Si Kafka Hibino, isang 32-taong gulang na lalaki na nangangarap maging isang miyembro ng Japan Defense Force (JDF) upang labanan ang mga kaiju (malalaking halimaw) na umaatake sa bansa. Ngunit sa halip na maging isang aktibong miyembro, siya ay nagtatrabaho bilang isang tagalinis ng mga katawan ng kaiju. Isang araw, habang nagtatrabaho, nakatagpo si Kafka ng isang kaiju na may kakayahang magbago ng anyo, at sa hindi inaasahang pagkakataon, siya ay nahawahan nito at naging isang "Kaiju No. 8," isang tao na may kakayahang magbago at mag-transform sa isang kaiju. Dahil dito, nakapasok siya sa isang matinding laban sa mga kaiju at napilitan magtago ng kanyang bagong kakayahan. Kasama ang kanyang matalik na kaibigan na si Leno, isang bagong recruit sa JDF, at iba pang mga tauhan sa JDF, nagsimula siyang magtulungan upang labanan ang mga kaiju at hanapin ang solusyon sa kanyang bagong kondisyon habang ipinaglalaban ang kanyang mga pangarap.