Isang misteryosong berdeng buhok na batang babae ang nanonood ng dalawang batang lalaki, ang Britanian Lelouch at Japanese na si Suzaku Kururugi na nalaman ang pagsakop ng Britannia sa Japan, kung saan ang dating ay nangako na sisirain ang Britania. Sa kasalukuyan, si Lelouch ay isang estudyante sa Ashford Academy. Isang araw habang papunta sa paaralan, na-trap siya sa loob ng isang anti-government rebel truck habang tumatakas ito mula sa militar ng Britania matapos magnakaw ng lalagyan ng lason na gas.