Sumusunod sa kwento ni Baki habang patuloy siyang nakikipaglaban sa kanyang ama, si Yujiro Hanma. Sa season na ito, nakatagpo siya ng mga bagong kalaban at mas matinding hamon. Puno ng aksyon at drama, tinutuklas ng kwento ang tema ng pamilya at ang pagsisikap ni Baki na patunayan ang kanyang sarili bilang pinakamalakas na mandirigma.