Patuloy na nagtatangka na patayin ang kanilang guro, si Koro-sensei, bago siya mangyari ang kanyang itinakdang oras. Sa season na ito, mas pinapalalim ang mga karakter at ang kanilang mga kwento, pati na rin ang mga pagsubok at pagsasanay na kanilang dinaranas. Habang lumalakas ang kanilang samahan at kasanayan, unti-unti nilang nauunawaan ang tunay na halaga ng kanilang guro. Ang kwento ay puno ng aksyon, emosyon, at mga aral tungkol sa pagkakaibigan at pagtanggap.