Los nematodos normalmente pueden ser encontrados en el intestino de axolotes que tienen acceso a copépodos como alimento y también en pulmones, donde Rhabdias puede causar neumonía. El tratamiento se realiza con metronidazol 50mg/lt de agua en baños de 24 horas tres veces por semana.

Dentro de los ectoparásitos más comunes encontramos Lerneae spp. Es un crustáceo copépodo, común en peces. Se observa como un gusano en forma de ancla adherido a la piel del animal y puede tener hasta 22 mm de longitud. Su cabeza tiene forma de ancla, que penetra la piel para establecer una fijación fuerte y lesiva. El parásito se alimenta de los tejidos del hospedador, provoca inflamación, letargia y pérdida de condición corporal. Predispone, además, a infecciones secundarias. El tratamiento consiste en el retiro manual con ayuda de pinzas previa aplicación de azul de metileno sobre el parásito. Es importante retirar el parásito completo.