La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) clasifica al ajolote mexicano como una especie en peligro critico de extinción (CR) desde el año 2006 al documentarse una disminución drástica del número de ejemplares.
Las causas que explican esta lamentable disminución está relacionado en parte con la introducción de especies invasoras en el lago de Xochimilco a partir de la década de los 70, las cuales han quitado espacio al ajolote y se han convertido en sus depredadores, entre estas especies están el pez llamado tilapia africana y la carpa, que se comen a los ejemplares más pequeños y a sus huevos.
Sin embargo, la principal razón de su extinción tiene que ver con la contaminación cada vez mayor del lago, lo que ha mermado la cantidad de anfibios mexicanos que habitan en sus aguas pues esta especie es muy sensible a los cambios ambientales, es tan grave la situación que aunque hoy día no se tiene una cifra exacta de la cantidad de ajolotes que quedan vivos, ya para 2014 solo existían unos 36 ejemplares.
No podemos dejar de lado que la maravillosa capacidad de regenerar su cuerpo que tiene el ajolote se ha convertido a la vez en un problema, pues debido al interés que suscita se le ha empleado con fines medicinales y también se le ha sacado de su hábitat natural para realizar estudios científicos e investigaciones de cómo regenerar tejidos en el ser humano.
Por último, el ser humano en general tiene parte de responsabilidad en la que parece ser la extinción inminente del ajolote, y es que se le atrapa para usarlo en la cocina en la preparación de platos exóticos como el ajolote tostado que muchos habitantes de México lo consideran como un manjar.
En medio de todo este panorama terrible se han adelantado iniciativas y programas para conservar esta especie y tratar de frenar su desaparición, por ejemplo, se mantiene a algunos ejemplares en cautiverio donde se le da todos los cuidados necesarios y está a salvo de sus depredadores y de la contaminación.
Asimismo, el Parque Ecológico de Xochimilco que alberga un área protegida para estos anfibios goza de Protección Especial por parte del gobierno. También, desde la Universidad Autónoma de México se adelanta el Refugio chinampa, que busca restaurar la superficie agrícola de la zona lacustre de Xochimilco, eliminar el uso de pesticidas y fertilizantes, crear refugios para el ajolote mexicano y minimizar la contaminación en el principal hábitat de este sorprendente anfibio.
Existen distintos factores que afectan al ajolote, pero uno de los más destacados es el hecho de que el hombre haya introducido especies distintas en los lagos donde habita, lo cual ha influido en la merma de ejemplares debido a que estas nuevas especies devoran las crías jóvenes o incluso se alimentan de los huevos del ajolote.
Por otra parte, el ajolote también ha sido utilizado con fines medicinales con el objetivo de fabricar jarabes que supuestamente mejoraban los problemas respiratorios (algo que no ha podido ser comprobado), por lo que el descontrol ha llevado a ser incluido en la lista roja de especies en peligro crítico de extinción según la IUCN con categoría CR, es decir, si no se establece una serie de medidas y control para su reproducción en poco tiempo podría extinguirse por completo.