Todos los anfibios adultos son carnívoros estrictos y poseen un tracto gastrointestinal relativamente corto y simple. El alimento es ingerido a través de la boca, de hecho, la boca es la responsable del nombre científico de Ambystoma ya que significa Amblyx =copa, taza y stoma = boca.

Los ajolotes no mastican el alimento, sin embargo, poseen unas estructuras aserradas cartilaginosas en el paladar inferior y superior que fungen como dientes que ayudan a la sujeción de las presas.

La cavidad oral está separada del esófago por un fuerte esfínter, que podría compararse con la glotis. La faringe, en este tipo de especies, adquiere mayor importancia en la respiración que en el proceso digestivo. El proceso digestivo inicia en el esófago que secreta un tipo de moco con diversas enzimas digestivas como el pepsinogeno, al tanto que las líneas de cilios presentes transportan la ingesta a través del esófago hacia el estómago donde la digestión continuará. El estómago, de tipo glandular y en forma de “j”, presenta tres zonas bien delimitadas: el cardias, el fondo y el píloro. El estómago está separado del intestino por el esfínter pilórico, el vaciamiento gástrico hacia el intestino es controlado por el duodeno. Las secciones del intestino no son fácilmente diferenciables como en otros vertebrados. La parte anterior corresponde al intestino delgado, y la posterior al intestino grueso. Por ser el axolote un organismo carnívoro, La longitud del intestino es corta.