Atlantis kehrt in die Pegasus-Galaxie zurück und bekommt es mit neuen Feinden zu tun, den Pegasus-Asgard.
Des Weiteren wird ein bereits bekannter Feinde verheerender zuschlagen als je zuvor.
Zudem trifft man ein bekanntes Volk wieder.
1. Taonas
2. Drohnen
5. Asylum
9. Neue Feinde
11. Tria
12. Steine überfallen Atlantis (unfertig)
15. Gegenschlag
16. Neue Verbündete, Teil 1 (eingestellt)