У Лішнянському ліцею освітній процес проводиться за такими навчальними програмами
1 – 4 класи – наказ МОН України від 20.04.2018р. № 408
5 – 9 класи – наказ МОН України від 20.04.2018р. № 405
10 – 11 класи – наказ МОН України 20.04.2018р. № 408