ImageJで写真から長さを測ったりスケールを入れる方法

ImageJのDL先：英語版、日本語版

測定や編集したい顕微鏡写真と、同じ顕微鏡・同じ倍率でマイクロメーターを撮影した写真を用意する。起動したImage Jのツールバーの上に写真をドラッグすると、Image Jで写真を開くことができる。

二枚の写真を開いたら、マイクロメーターの写真から、ピクセルと実際の距離との相対基準を取る。拡大ツールで任意の倍率に上げて、直線ツールで任意のスケールの距離に直線を渡す。Shiftキーを押しながらやれば、直線に角度が生まれない。線が引けたら、Analysis（画像解析）タブ→Set scale（実サイズを設定）を開く。Distance in pixelsに引いた線のピクセル値が出ており、その下のKnown distanceに線を引いたスケールの値を入れる（例えば10μmだったら10）。Known distanceの二つ下のUnitに距離の単位を入れる。マイクロメートルの場合はumと入れる。最後に、この相対基準を共通基準とするために、Globalのボックスにチェックを入れてOKを押す。

次に、計測をしたい写真を表示させ、直線ツールで測りたい距離に直線を渡して、Ctrl+M（あるいはResults、画像解析を実行）を押すと、Lengthに引いた直線の相対距離が出る。さらに、この測定（線を引いてはCtrl+M）を繰り返して、Results（結果）タブのSummarize（結果の集計）を押せば、繰り返した測定値の平均や標準偏差が算出される。この手法を使えば、測りたい箇所を何度も計測して、より偏りの少ない距離を測ることができる。

スケールバーは、Analysis（画像解析）タブ→Tools（ツール）→Scale bar（スケールバーを追加）を選択すると、設定した相対距離に基づいたスケールバーが現れ、距離やバーの位置、色・フォントなどを自由に設定できる。