・AMPureが常温になっていること、最初にサンプルに加える前にしっかり懸濁されていること。
・AMPure加えてから、wide ボアチップ(1MLなど)で、ゆっくりやさしく、ただししっかり混ぜること。この段階でDNAとビーズがくっついていないと意味がない。10回にこだわらず、しっかりDNAとAMPureが混ざるようにする。
・さらにしっかり吸着を待つため、この段階で室温で5~15分置く。どれだけおけばいいかはサンプルに依存する。
・マグネットスタンドに吸着させる際には、なるべく強いマグネットを使い、チューブの底辺ではなく少し上の壁面に必ず集まるようにする。
・液体が完全にクリアになるのを待つ。粘性が高い液体の場合、少しピペッティングなどして対流を起こさせてでもクリアにする。
・速やかに液体を抜くが、この段階はあんまり神経質にならなくて大丈夫。
・WashするEtOH 80%は、「必ず」直前に調製すること。保存したEtOHはどんどん水を吸うため、濃度が下がる。EtOHはDNAのビーズ吸着を維持し、H2Oは不純物を溶出する。そのためEtOHの濃度が下がると、DNAの不用意な溶出を招いてしまう。
・Washはペレットにあてないように200µl程度入れ、30秒待ち、抜く、を2回。ここは、チューブの底にたまったものも全部しっかり抜く。
・その後の乾燥は、エタノールが完全に飛ぶ必要があるが、水まで完全に飛ばない程度(からっからにしすぎない)ことが重要。
・再溶出は、pH 7.5~8.5の10mM Tris-HClを加え、しっかりピペッティングで懸濁し、たまにタッピングしつつ室温で15分以上くらいおいた方がよい。本気でやる場合、37℃や60℃くらいに置くとより収量が上がる(60℃は長くやりすぎるとDNAが切れるので注意)。
・最後のマグネット吸着も完全にクリアになるまで十分に待ってから回収。