Eläinpopulaatiolla tarkoitetaan ryhmän eläinyksilöitä, jotka kuuluvat samaan lajiin ja elävät samalla alueella samaan aikaan. Ihmisten ja muiden lajien välinen vuorovaikutus on ytimessä, kun puhumme alkuperäisten ja jalostettujen rotujen monimuotoisuudesta. Tietyllä alueella voi olla vakaa paikallinen eläinpopulaatio, jota ei ole koskaan tunnistettu roduksi. Populaatiota ei yleensä valita tietyn ominaisuuden perusteella, vaan säilytetään muita ominaisuuksia vaalien, kuten terveitä eläimiä ja hyviä äitejä. Seiskarinkoira on populaatio. On valittu koiria, joilla on Suomenlahden saarella hylkeenpyynnissä käytettyjen koirien ominaisuudet. Seiskarinkoira ei ole näitten saarien koirien jälkeläisiä. Niitä ei ole virallisesti tunnustettu roduksi.
Maatiaiseläin (tai alkuperäinen rotu) on hevonen, nautakarja, lammas, vuohi, kani, hevonen, sika, siipikarja (kanat, ankat ja hanhet), koira, kissa ja mehiläinen. Jotta se voidaan luokitella kotoperäiseksi roduksi, sen on täytynyt olla olemassa tietyllä alueella tarpeeksi kauan ollakseen sopeutunut paikalliseen ympäristöön.
Rotu on biologinen termi, jota käytetään useimmiten kuvaamaan jalostuksen tuloksena syntyvää eläinryhmää, jolla on tietyt ennalta määrätyt pysyvät ominaisuudet (valintakriteerit). Rodulla on yleensä sama ainutlaatuinen ulkonäkö. Rodun määritelmä on ihmisen luoma ja sen myötä on valittu haluttuja ominaisuuksia, esimerkiksi kotieläin on musta ja se on korkeatuottoinen. Näin rodut on perustettu pienimmästä eläinpopulaatioista ja niiden monimuotoisuus on suppeampi.
Eroa populaation, maatiaiseläinten ja rodun välillä on vaikea havaita pelkästään eläintä katsomalla. Populaatiot ja maatiaiset ovat yleensä erilaisia, mutta ne voivat myös näyttää täsmälleen samanlaiselta kun rotu. Näin voi taphtua, jos luonnonvaraisesta geneettisestä populaatiosta olisi jäljellä vain yksi pieni osa. Asia voi olla vielä monimutkaisempaa. Maatiaiseläimellä voi ryhmittyä rodun kanssa samaan ryhmään DNA:n perusteella. Esimerkiksi Viron mustapäälammas risteys emolinjaltaan viron maatiaislammas ja isälinjan kautta shropshiren lammas. 2000-luvun keskellä löydettiin maatiaislammas, jonka DNA ryhmittyi viron mustapäälampaiden ryhmään, mutta se näytti alkuperäislampaalta, ei viron mustapäärodulta. Tämä selittyy viron mustapäälampaiden jalostushistorialla.
Ihminen on avaintekijä kun tutkitaan maatiaisia ja siksi on aina tärkeää keskustella eläimiä pitävän ihmisen kanssa. Vain haastattelemalla eläintenpitäjiä saat tietoa eläimen historiasta ja myös niiden ominaisuuksista. Pelkkä DNA-analyysin tekeminen ei riitä.
Kaikki kotieläimemme polveutuvat villieläimistä ja myöhemmin maatiaiseläimistä. Se tarkoittaa, että saatat löytää eläimen, joka näyttää täsmälleen jalostetulta eläimeltä, alkuperäiseläinten joukosta. Yleensä villieläinten käyttäytyminen ja ulkonäkö on muuttunut, kun eläimiä on kesytetty. Se tarkoittaa, että sinulla saattaa olla alkuperäispopulaatioissa eläimiä, joita et löydä luonnosta.