Mediante tratamiento silvícola, los bosques de la EFEZ han sido saneados de plagas forestales, habiendo actualmente presencia de insectos en niveles que no son plaga, pues periodicamente han sido sometidos a cortas de saneamiento.
No así las enfermedades forestales, entre las que destaca la presencia de muérdago (Arceuthobium globosum y A. vaginatum), que infectan no solo a los bosques de la EFEZ, sino a los de los Parques Zoquiapan e Izta - Popo, así como al resto de montes de la Sierra Nevada.
Un problema es que las autoridades forestales no autorizan el aprovechamiento de arbolado infectado por muérdago, argumentando que no mata al árbol. Sin embargo, su presencia y falta de control rentable, induce su proliferación, alcanzando niveles de infestación alarmantes, tornándose en un problema de salud forestal para toda la Sierra Nevada.
La expectativa en la EFEZ es tener un bosque "sano", según la siguiente definición (http://foresthealthindex.org/):
Bosque “sano” es aquel que es resiliente a cambios y puede proporcionar servicios ambientales o ecosistémicos, a la par que satisfacer necesidades humanas.
Como lo establecen sus autores, al definir así la salud de un bosque no se presupone una noción definida de salud, sino una visión sanitaria amplia, desde cuatro perspectivas fundadas en objetivos públicos ampliamente aceptados, como son:
Ø La integridad ambiental
Ø La salud pública y seguridad
Ø Los servicios ecosistémicos
Ø El uso sostenible y su gestión
De entre los agentes disruptivos que se están monitoreando en la EFEZ, el cambio climático es el más importante, para lograr, vía tratamientos silvícolas y complementarios, un manejo forestal sustentable, que garantice bosques "resilientes".