L'Istituto nasce negli anni 60 come sezione staccata dell'I.T.C."Caio Plinio Secondo" di Como, diviene autonomo nel 1979. Nel 1982 viene attivato l'indirizzo IGEA, prima sperimentale ora in ordinamento, nel corso di Ragionieri.
Nel 1996 vengono istituiti due nuovi indirizzi: il Liceo Scientifico e l'Istituto per Geometri. Infine, nel 1999 viene avviato anche l'Istituto Tecnico per il Turismo ed infine L'Alberghiero.
Dal settembre 2001 è aperta a Porlezza una sede associata. Ciò ha consentito, grazie ad una convenzione tra Comune di Porlezza, Amministrazione Provinciale e Istituto Vanoni, di dare risposte positive da un lato alla carenza di spazi nella sede centrale e dall'altro alle esigenze degli alunni di un'area importante del territorio di frequentare l'anno scolastico in sedi meno distanti dalla loro residenza, con una positiva ricaduta sull'esito del successo scolastico e nella lotta alla dispersione.