L’Istituto Statale "Antonio Sant'Elia" inizia la sua attività nell’anno scolastico 1967/68, come sede staccata dell’Istituto Tecnico Statale per Geometri e Ragionieri “G. Parini” di Lecco.
A partire dall’anno scolastico 2000/2001 insieme ai corsi dell’istruzione tecnica per geometri è funzionante il corso di istruzione professionale ad indirizzo elettrico, elettronico e telecomunicazioni.
Dal settembre 2000 la scuola ha assunto la denominazione di Istituto Statale Polifunzionale “Antonio Sant’Elia”, mutata dal settembre 2002 in quella attuale, ovvero Istituto Statale di Istruzione Superiore “Antonio Sant’Elia”.
Con l’anno scolastico 2009/2010 l’offerta formativa si è ampliata con l’introduzione del Liceo Scientifico ad indirizzo sportivo, un corso del tutto nuovo per la provincia di Como.