La electroforesis es una técnica que favorece el transporte de los fragmentos de ADN amplificados a través de un disolvente mediante un campo eléctrico [6]. El campo eléctrico está compuesto por un cátodo (+) y un ánodo (-) conectados a una fuente de alimentación eléctrica que suministra un voltaje regulado, que propicia el desplazamiento de las moléculas dentro de un gel de agarosa. 

Debido a que el ADN posee carga negativa por la presencia de los grupos fosfato que componen a la molécula [7], este se movilizará hacia el cátodo (+) de la cámara de electroforesis. Por consiguiente, la velocidad con la que se moverá el ADN dentro del gel estará asociada al tamaño (pares de bases) del fragmento amplificado.

La electroforesis consta de 4 fases importantes: la preparación del gel de agarosa, la carga del ADN y el marcador de peso molecular, la corrida del gel con voltaje regulado y la interpretación del resultado que confirmará la presencia o la ausencia del fragmento a identificar.

Después de la amplificación por PCR, se debe preparar un gel de agarosa teñido con bromuro de etidio (200 a 500 ng/ml), en amortiguador TAE o TBE 1X. El porcentaje o concentración de agarosa depende del tamaño en pares de bases (pb) esperado, por ejemplo; para muestras de 100-300 pb se recomienda usar un gel al 1.0 % de concentración, a continuación se enlistan el material utilizado y los pasos para su preparación: