ระบบความปลอดภัยโรงเรียนหนองเรือวิทยามีความใส่ใจและคำนึงถึงความปลอดภัยภายในโรงเรียน ได้มีการติดตั้งกล้องวงจรปิดตามจุดต่าง ๆ ภายในโรงเรียน มีเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยหน้าประตูโรงเรียนตลอด 24 ชั่วโมง มีอุปกรณ์ดับเพลิงติดไว้ตามจุดต่าง ๆ ในอาคาร และได้ฝึกซ้อมแผนเผชิญเหตุอย่างต่อเนื่อง เพื่อเป็นการเตรียมพร้อมเมื่อเกิดเหตุฉุกเฉินขึ้น