โรงเรียนหนองเรือวิทยา  มีโครงสร้างพื้นฐานและสาธารณูปโภค แหล่งเรียนรู้ภายในโรงเรียน และระบบความปลอดภัย ดังนี้ โรงเรียนมีอาคารเรียน จำนวน 4 หลัง โรงฝึกงาน 3 หลัง นอกจากนั้นยังมีพื้นที่จัดกิจกรรมการเรียนรู้และห้องจัดกิจกรรมการเรียนรู้ ดังต่อไปนี้ มีสนามกีฬาไว้สำหรับเล่นกีฬาที่หลากหลาย เช่น สนามกีฬาวอลเลย์บอลในร่ม สนามกีฬาวอลเลย์บอลชายหาด สนามฟุตบอล สนามบาสเกตบอล สนามตระกร้อ และยังมีพื้นที่ไว้สำหรับจัดกิจกรรมต่าง ๆ ไว้สำหรับนักเรียน อาทิ หอประชุม 2 หลัง โดมกิจกรรม 2 หลัง ห้องโสตทัศนูปกรณ์ ห้องสมุดของโรงเรียนมีระบบการยืมหนังสือ Morning Library ที่สะดวกและทันสมัย มีห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ 3 ห้อง ห้องปฏิบัติการภาษาไทย ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ห้องปฏิบัติการนาฏศิลป์ ดนตรี ศิลปะ ห้องแนะแนวที่ช่วยเหลือให้คำปรึกษาแก่นักเรียน ห้องเรียนคุณภาพครบทั้ง 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้และกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน ที่พร้อมด้วยสื่อเทคโนโลยีที่เอื้อต่อการจัดการเรียนรู้ ห้องน้ำตามโครงการสุขาดีมีความสุข ที่สะอาดและเพียงพอ มีห้องน้ำสำหรับเพศทางเลือก LGBTQA+  โรงอาหารขนาดใหญ่พร้อมร้านค้าที่หลากหลาย  ห้องพยาบาล บ้านพักครู แฟลตบ้านพักครู และบ้านพักนักกีฬา

โรงเรียนหนองเรือวิทยามีความใส่และคำนึงถึงความปลอดภัยภายในโรงเรียน มีระบบไฟฟ้าที่เสถียรและมีประสิทธิภาพ ระบบน้ำประปาที่สะอาดได้มาตรฐาน การป้องกันความปลอดภัยของโรงเรียน ทางโรงเรียนได้มีการติดตั้งกล้องวงจรปิดตามจุดต่างๆภายในโรงเรียน เพื่อความปลอดภัยในร่างกายและทรัพย์สินของนักเรียน มีเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยหน้าประตูโรงเรียนตลอด 24 ชั่วโมง มีอุปกรณ์ดับเพลิงติดไว้ตามจุดต่างๆในอาคาร และได้ฝึกซ้อมแผนเผชิญเหตุอย่างต่อเนื่อง เพื่อเป็นการเตรียมพร้อมเมื่อเกิดเหตุฉุกเฉินขึ้น มีระบบการสื่อสารอินเทอร์เน็ตความเร็วสูง ด้วยการติดตั้งระบบอินเทอร์เน็ตไร้สายทั่วทั้งโรงเรียนให้นักเรียนได้สืบค้นข้อมูลได้สะดวกรวดเร็ว นักเรียนสามารถเรียนรู้ได้ทุกที่ทุกเวลา (AnyWhere AnyTime)