Karsthöhlen sind die häufigste Höhlenart in Deutschland und entstehen durch die Lösung von Kalkstein. Diese Höhlen zeichnen sich durch komplexe Systeme von Gängen, Kammern und Tropfsteinformationen aus. Ein bekanntes Beispiel ist die Atta-Höhle im Sauerland, die für ihre beeindruckenden Stalaktiten und Stalagmiten bekannt ist.
Lavahöhlen entstehen in vulkanischen Gebieten, wenn fließende Lava unter einer bereits erstarrten Oberfläche weiterfließt und dabei Hohlräume hinterlässt. Diese Höhlen sind in Deutschland selten, da es hier keine aktiven Vulkane gibt. Gletscherhöhlen hingegen entstehen durch das Schmelzwasser, das unter Gletschern fließt und Tunnel im Eis bildet. Diese Höhlen sind in Deutschland ebenfalls selten, kommen aber in den Alpen vor.
Neben natürlichen Höhlen gibt es in Deutschland auch viele künstliche Höhlen, die durch den Menschen geschaffen wurden. Historische Bergwerke, in denen Erz und andere Mineralien abgebaut wurden, sind häufige Beispiele. Diese unterirdischen Hohlräume können ebenfalls sehr groß und komplex sein. Bunker aus der Zeit des Zweiten Weltkriegs stellen eine weitere Form künstlicher Höhlen dar. Diese Räume haben oft eine besondere historische Bedeutung und werden heute teilweise für Führungen oder als Museen genutzt.