巢湖特別行政區黨委

中國共產黨巢湖特別行政區委員會是巢湖特區的最高領導機構，承擔全面領導巢湖特別行政區黨務工作的職責。 區委是中國共產黨的地方組織，代表中央黨組織在特區的權威，直接負責指導特區內政治、經濟、文化和社會各方面的工作，確保中央政策的有效實施。 巢湖特區區委對巢湖特別行政區人民代表大會負責，地位高於特區內行政機關和司法機關，確保黨的領導在特區全面覆蓋。 其政策決策和指導對特區的發展方向、內外政策以及社會穩定均起到決定性作用。 

巢湖特別行政區人民代表大會

巢湖特別行政區人民代表大會（簡稱「特區人大」）是巢湖特別行政區的最高權力機關，代表巢湖特區全體居民的意志，依法行使立法、監督和重大事項決策的職權。特區人大是中國人民代表大會制度在特別行政區的一種特殊體現，具有地方特色。在立法院設立之後，不再行使地方立法和政策審議權，其主要職能調整為監督憲法和基本法在特區內的實施情況、審議並批准涉及特區自治與國家利益的重大法律與文件、任命和罷免特區管區官員，包括行政長官、主要政府部門負責人。

巢湖特別行政區人民政府

巢湖特別行政區人民政府（簡稱「行政院」）是巢湖特別行政區的最高行政機關，負責執行巢湖特別行政區委員會（簡稱「區委」）的決策，組織和管理特區的各項行政事務。 行政院直接對區委負責，同時向巢湖特別行政區人民代表大會報告工作。 

巢湖特別行政區人民立法院

巢湖特別行政區人民立法院（簡稱「立法院」）是巢湖特別行政區特別設立的立法機構和民意機構，負責制定、修訂和廢止特區內的法律與規範性文件。立法院作為特區治理體系的重要組成部分，在監督行政、促進法治與保障居民權益方面發揮核心作用。 立法院對巢湖特區人民代表大會負責，受特區人大監督，院長由巢湖人大委員會主任兼任。現在的立法院由之前的民主協商會議升級後產生。

中國人民政治協商會議巢湖特別行政區委員會

中國人民政治協商會議巢湖特別行政區委員會（簡稱「巢湖特區政協」）是中國人民政治協商會議在巢湖特別行政區的地方組織，是特區統一戰線的重要機構之一，也是中國特色社會主義政治體制的重要組成部分。巢湖特區政協在促進民主協商、凝聚社會共識、參政議政和服務特區發展中發揮著獨特而重要的作用。