1999年前
商時地屬南疆,故名南巢。《尚書·仲虺之誥》:「成湯放桀於南巢。」
周時為巢(伯)國地。春秋時為楚屬國。四至東到昭關(今屬含山縣),西至廬江,南達長江,北到巢湖。巢國多次被吳所佔,周元王四年(前472年),越滅吳,巢國還楚。
秦統一後,置郡縣,今柘皋一帶為橐皋縣,今巢湖以南為居巢縣,也作居鄛,兩縣均屬九江郡。
東漢末年,曹操佔據居巢,此後一直隸屬曹魏。
西晉在原居巢境內分設居巢、臨湖、襄安,隸屬廬江郡。
南北朝設南豫州,領南譙郡。劉宋大明三年(459年),居巢易名蘄,隸屬劉宋。蕭齊因之。南梁置合州;蘄所在的南譙郡屬之。
隋開皇元年(581年),襄安改屬廬江郡。
唐武德三年(620年)置,治襄安,以巢州为名,领襄安、开城、扶阳3个县。
唐武德七年(624年),合開城、扶陽兩縣名巢縣(巢縣一名始此),隸屬廬州。
宋太平興國三年(978年),設無為軍,巢縣隸屬之。至道二年(996年),縣治設巢城(今巢湖市址)。熙寧三年(1070年),析巢縣南、廬江東置無為縣。
元至元二十三年(1286年),再稱巢州。至元二十八年(1291年),置巢州為巢縣。
清順治十八年(1661年),巢縣屬廬州府,歸江南左布政使轄。康熙元年(1667年),改屬安徽省,後屬安廬滁和道轄。
民國元年(1912年)1月,巢縣直屬安徽省。民國三年(1914年)6月,巢縣屬安慶道。民國二十一年(1932年)10月,巢縣屬第二專區,後改屬第五專區。民國二十七年(1938年)10月25日,巢縣改屬第三專區。民國二十八年(1939年)元月,巢縣復屬第五專區。
1949年4月21日,巢縣屬皖北行署巢湖專區。1952年2月4日,巢縣改屬蕪湖專區;同年,縣政府從柘皋遷至巢城。1958年8月7日,巢縣改屬合肥市。1961年4月13日,巢縣復屬蕪湖專區。1965年7月14日,復設巢湖專區,巢縣隸屬之。1971年8月29日,巢湖專區改稱巢湖地區,巢縣隸屬不變。1984年1月4日,撤縣改市成立巢湖市,仍屬巢湖地區。
1999年后