Algunos autores suelen identificar a la Epistemología con la Filosofía de la Ciencia, lo cual no es estrictamente correcto. La Epistemología es una rama de la Filosofía de la Ciencia. Algunas suposiciones que son discutidas en el marco de la Filosofía de la Ciencia no son cuestionadas por la Epistemología ya que no influyen en el objeto de su estudio. Por ejemplo, la discusión metafísica acerca de si existe una realidad objetiva que pueda ser estudiada por la Ciencia, o si se trata de una ilusión de los sentidos es un tema de interés para la Filosofía de la Ciencia, pero cualquiera sea la postura al respecto, ella es indiferente para el estudio de los métodos de obtención del conocimiento o de criterios de validación de los mismos.