Middeleeuwse alchemisten hechtten veel belang aan kleurveranderingen die optraden bij de verschillende processen van het Grote Werk en dus de voorbereiding van de Steen der Wijzen. Het was voor de alchemist belangrijk om bij zijn praktische transmutatieproces te beginnen met een materiaal dat niet door bepaalde eigenschappen kon worden geïdentificeerd, en om op deze prima materia zuivere kwaliteiten te prenten die geleidelijk zouden leiden naar perfectie. Dit 'eerste materiaal' werd vaak bereid door de vier gewone onedele metalen- lood, tin, koper en ijzer - samen te smelten. Dit resulteerde in de zwarte oppervlaktekleur, kenmerkend voor de eerste fase.
Het volgende proces, dat van wit worden, werd bereikt door de zwarte legering te verhitten met een beetje zilver, gevolgd door kwik (inclusief arseen en antimoon) of tin.
De derde stap was een vergeling, waarvoor kleine hoeveelheden goud en zwavelwater nodig waren. In een laatste proces werd violet, de hoogste kleur in deze chromatische hiërarchie, bereikt. Modern onderzoek heeft bevestigd dat deze kleur, soms vergezeld van een opvallende irisatie, kan worden geproduceerd op bepaalde legeringen die kleine hoeveelheden goud bevatten. De apotheose van kleur werd bereikt in de Steen der Wijzen, 'de alchemistische vorm van Aristoteles' entelechie, de uiteindelijke oorzaak die zichzelf kan reproduceren.
De geschriften van de middeleeuwse alchemie zijn doordrongen met beschrijvingen van bewerkingen die tot dergelijke reeksen van kleuren leiden. Gewoonlijk zijn de reeksen echter complexer dan de eenvoudige die hier zijn aangegeven, en zijn de processen versluierd in mystieke en allegorische taal.