2013年の時点で「院長任命権」への政府干渉と科学アカデミーの「再編・廃止」すなわち連邦予算（公費）で運営するのをやめるかもしれないという話が出て問題になった。この時点では科学アカデミー側の反対が通り、「再編」のみが決まった。
ただしアカデミーは財政的自主権と研究所長等の人事権を失った。土地の運用は出来なくなり、3つのアカデミーが統合され、予算規模も全体で900億ルーブルほどあったのが、科学アカデミー本部60億ルーブルと縮減され、新たに出来た政府の下の組織、連邦学術機関庁に1200億ルーブルがつけられた。アカデミーはこの連邦学術機関庁から予算配分をうけねばならなくなった。また、各機関の所長任命権に連邦学術機関庁の権限が及んだ。
会員任命については特に報道、分析はない。ロシアの場合アカデミーが研究所のようなものなので、普通の大学や研究所の研究者人事に近いはずである。
2014年当時、ロシア科学アカデミーにも所属していた経済学者Irina Dezhinaは改革の効果に懐疑的な姿勢を示し、「改革の主要な目的は期待の出来る科学研究を支援するような新たなシステムを作ることではなく、既存のシステムを破壊することだった」と批判した。そして「どうしてこのように過激な方法が必要だったのかは明らかではない」とも述べている（p. 26）。
2010年代のあいだ、日本側の検証では科学アカデミーは「イノベーション創出のための学術体制改革の一環」としての目線からまとめがなされてきた。実際、上記の任命や財源の騒ぎはロシア国内ではそのような論理で正当化され続けていたようだ。
小泉悠「【ロシア】 科学アカデミーの改革に関する法令」『外国の立法 (2013.11)』国立国会図書館調査及び立法考査局
遠藤 忠「ロシア連邦における学術体制の改革 －イノベーション･サイクルの構築を目指して－」『宇都宮共和大学 シティライフ学論叢』2018 年 19 巻 p. 17-34
ただ、それにしても財源の事実上の没収、役割の縮小、人事権（院長や所長など）の政府介入の拡大は著しいものがある。また2020年代に入ってからは、各種法案の作成は秘密裏に行われ、いきなり関係者につきつけられたとの証言がある。
橋本伸也教授による『世界』2023年1月号記事は今年Science誌で報道されたエピソードから始まり、プーチンによる科学アカデミー改革の帰結を説明している。
橋本伸也「ロシア科学アカデミーに何が起こったのか？-プーチン政権下における学術と政治」『世界』(965) 2023年、222-230。
2017年6月23日にロシア国会がロシア科学アカデミー院長選出への大統領介入を可能にする法を通過させて、院長任命権を政府が握った。この措置は国際的な科学者コミュニティの警戒を呼び、批判された。詳細は下記の記事を参照。
Putin tightens control over Russian Academy of Sciences (27 JUN 2017)
当然ながら総裁選挙は荒れた。2017年には三人の院長候補が皆辞退し、政府はその時点で立候補していなかった人物（当時の副院長）を任命した。
Election chaos at Russian Academy of Sciences (Nature volume 543, 2017)
同選挙についての日本語記事
2022年にあったロシア科学アカデミーの院長選では、有力候補であった物理学者のAlexander Sergeevが政府の圧力を問題視する演説の後、院長候補となることを辞退。代わりに選ばれたはロシアの半導体メーカー、Mikronを率いるGennady Krasnikovであった。