SDS是一種帶有長烷基鏈的表面活性劑，它的主要功能之一是將蛋白質變性。當蛋白質樣本與SDS作用時，SDS分子會結合到蛋白質的表面，將其完全覆蓋。這會導致蛋白質的原生構象（天然形態）被破壞，因為SDS會將蛋白質展開成線性結構，並且SDS分子會掩蓋蛋白質的內部氨基酸殘基，這樣可以消除蛋白質本身所帶來的電荷和折疊結構對電泳運動的影響。

Polyacrylamide gel的孔隙大小可以輕鬆調整，聚丙烯酰胺的濃度越高，凝膠的孔隙越小。Polyacrylamide gel在電場作用下和化學藥劑的影響下具有良好的穩定性，適合長時間的電泳分析。凝膠的製備過程中可以確保其均一性，這對於實現重復性高的實驗結果來說非常重要。