Bioinformatics

Il servizio di bioinformatica offre analisi di dati genomici ad alta processività provenienti da piattaforme moderne, tra cui microarray, RT-PCR, SNP chips e Next Generation Sequencing, sia per campioni bulk che a singola cellula. 

Per l'analisi dei dati, utilizziamo una vasta gamma di software open-source e tool avanzati continuamente aggiornati. Tra gli strumenti principali utilizzati per il processamento di dati bulk e single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) troviamo:

• Seurat: uno dei principali strumenti per l'analisi di dati scRNA-seq, utile per la normalizzazione, il clustering e l'integrazione di dati da esperimenti a singola cellula.

• Scanpy: un altro potente pacchetto Python per scRNA-seq che offre funzioni per l'analisi, la visualizzazione e la gestione dei dati a singola cellula.

• Monocle: utilizzato per l'analisi della differenziazione cellulare e la modellazione delle traiettorie in dati scRNA-seq.

• CellRanger: software per il preprocessamento e l'allineamento dei dati ottenuti dalla piattaforma 10x Genomics.

• Drop-seq tools: utilizzato per l'analisi di dati derivanti dalla tecnologia Drop-seq per la profilazione delle espressioni geniche a singola cellula.

• PySCeS: utile per la simulazione di modelli di reazione chimica a livello di singola cellula.

In aggiunta, utilizziamo strumenti più generali per l'analisi dei dati genomici e trascrittomici tra cui Python, R, BRB-ArrayTools, Cluster 3.0, Java TreeView, Weka, BWA, Samtools, GATK, STAR, e strumenti di machine learning per analisi avanzate, predittive e personalizzate per ogni esigenza specifica.

La nostra infrastruttura bioinformatica permette di sfruttare tecnologie all'avanguardia per garantire risultati di alta qualità nelle analisi dei dati biologici.