Ra's Al Ghul a un RDV avec Jess dans une ruelle. Il lui fait savoir qu'elle peut rejoindre la Confrérie des Ombres si elle le souhaite. Elle répond qu'elle est déjà engagée auprès de Carmine Falcone, mais qu'elle réfléchira à la proposition.

Lizzie est dans son labo. Elle se rend compte qu'elle peut communiquer et donner des ordres aux rats. Son père vient s'enquérir de ses nouvelles et lui rappelle qu'il l'aime. Whisper l'appelle à l'aide sur son portable. Il a l'impression d'être suivi, et souhaiterait la retrouver d'urgence dans une ruelle de Gotham. Elle le rejoint, mais le découvre mort, avec une feuille de cerisier posée sur le torse entaillé par une arme tranchante. Elle décide de s'emparer de la feuille.

Cael est appelé : Whisper a été assassiné, et des agents de police interrogent un témoin sur la scène de crime. Il s'agit de Lizzie, qu'il interroge, ce qui la pousse à lui confier avoir trouver une feuille de cerisier près du cadavre. L'arme du crime serait une arme tranchante de type sabre.

R'as Al Ghul, sur la demande de Don Falcone, organise un RDV entre celui-ci et Dick Grayson. Talia lui révèle qu'elle a trouvé l'emplacement de la Source, mais qu'un bâtiment est en construction à cet endroit, et appartiendrait à Bruce Wayne. Elle lui révèle également avoir un tatouage au niveau de la nuque qu'elle ne possédait pas avant sa disparition et sa perte de mémoire.

Cael prévient Harvey que des suspects dans les meurtres de ces derniers jours se cacheraient dans le parc entourant l'hôpital d'Arkham. Ils s'y rendent pour vérifier, mais alors qu'ils aperçoivent quelques ombres devant eux, ils sont pris à revers par un ninja. Ils se séparent, Cael restant en arrière pour négocier avec le ninja qui révèle son identité : Talia ! Elle précise cependant qu'elle et son groupe ne sont pour rien dans les meurtres de Tony Zucco et de Whisper. Elle promet de l'aider à retrouver le véritable coupable s'il lui laisse du temps pour effacer les traces de leur séjour à l'hôpital. Il accepte. Harvey quant à lui, a fait choux blanc, mais commence à transpirer. Il est en manque de médicaments. Il demande à Lizzie de lui fournir des médicaments "à l'endroit habituel". Elle modifie les médicaments avec le mutagène.

Cael, Lizzie et Ra's Al Ghul se rendent dans les bas-fond pour enquêter sur l'Ombre, qui serait à l'origine des assassinats récents. Leur enquête les mène chez Wang Fu Chen, le propriétaire d'un hôtel miteux. Lizzie est invitée à sortir, tandis que Ra's Al Ghul prend le thé avec Chen. Mais celui-ci est empoisonné, et des hommes armées sortent de toute part pour l'attaquer. Malgré tout, il parvient à s'en sortir et à capturer Chen qui avoue que l'Ombre n'est autre qu'Alyssa Wayne.

Pendant ce temps, Lizzie se fait agresser par une bande de jeunes, mais elle fait appel aux rats pour faire fuir ses agresseurs. Ra's Al Ghul et Lizzie envoient un message à l'Ombre. Il essaie ensuite de contacter l'ensemble de la Confrérie Noire, mais aucun ne répond.

Lizzie et Ra's Al Ghul s'infiltrent dans le manoir Wayne, et y découvrent l'Ombre (Alyssa Wayne, la femme de Bruce Wayne), qui se révèle être la femme de Ra's Al Ghul. Elle lui explique son plan pour Gotham : exposer l'ensemble de sa population à la Source, ce qui provoquera une "sélection naturelle" radicale. En effet, une exposition à une dose importante de la Source peut avoir deux issues : le développement de capacités extraordinaires ... ou la mort. Elle explique aussi que la Confrérie des Ombres n'est plus, car ils ont refusé de coopérer. Elle laisse cependant la direction de ses hommes à Ra's Al Ghul, qui, elle le sait, saura en faire bon usage.

La police arrive ensuite, dirigée par Cael, et Alyssa se rend sans résister. Cael fouille le manoir Wayne de font en comble. Ra's Al Ghul s'enfuit avec des dossiers sur la Source qui contient une carte de Joker. Lizzie baratine un agent de police et parvient à sortir sans être interrogée.

Ra's Al Ghul se rend dans les fondations du bâtiment en construction pour se baigner dans la source et donne RDV à Talia pour parler du futur de Gotham.

Malgré les avertissements de Ra's Al Ghul sur les risques élevés de décès, Lizzie décide de se baigner également dans la Source.

Cael interroge Alyssa Wayne en prison. Il la menace de la faire libérer, ce qui l'exposerait à la vengeance d'une bonne partie de la pègre de la ville. De plus, il commence à s'inquiéter des nombreux appels sans réponse qu'il a laissé à Harvey Bullock ...