Fiji, ImageJ

Fiji, ImageJのメモ。ちょっとずつ勉強中。

http://lpixel.net/download/141003-0915.pdf

1. コマンド

1-1. Pluginのインストール

ダウンロードした XXX.jar ファイルを Fiji の jar フォルダに入れる。

Fiji/ImageJ を立ち上げ

Plugins > Install Plugins でファイルを選びインストール。

Fiji/ImageJ を再起動する。

2. マクロ

Plugins>Macro>Recordsで記録. ここからエディタへコピペ

Editで編集できる。

// 元画像のIDをゲット

temp_ID = getImageID();

// 選択

selectImage(temp_ID);

// アクティブな画像のスタック数や幅を取得

frameN = nSlices;

width = getWidth;

hight = getHight;

3. メモ

PIV (particle image velocimetry)

https://sites.google.com/site/qingzongtseng/piv

3-2. 画像のブレを補正する。

StackRegというプラグインでできる。TurboRegもインストールする必要あり。

TurboReg

http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/turboreg/

StackReg

http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/

画像を200x200 pixelに縮小する

Image>Scale (Ctr+E)