ปี พ.ศ.2310 ภายหลังจากสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ทรงกอบกู้เอกราชสำเร็จแล้วได้ทรงย้ายราชธานีมาอยู่ที่กรุงธนบุรี เป็นภาวะที่ยังมีการทำสงครามรวบรวมความเป็นปีกแผ่นของไทย เมืองนนทบุรียังเป็นเมืองขนาดเล็ก ตั้งเมืองอยู่บริเวณปากคลองอ้อม บ้านบางศรีเมือง ฝั่งตะวันตก(ฝั่งขวา) แม่น้ำเจ้าพระยา เป็นเมืองที่มีความอุดมสมบูรณ์อยู่ติดกับเมืองราชธานีอีกเช่นเดิม เรี่มมีผู้คนเข้ามาตั้งถิ่นฐานเพื่มมากขึ้น
1.พัฒนาการของเมือง ในสมัยกรุงธนบุรีมีดังนี้
1) การบูรณะวัดสัก บางใหญ่ สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช (สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี) โปรดเกล้าฯให้บูรณะวัดสัก ริมแม่น้ำเจ้าพระยาสายเดิม (คลองอ้อม)บางใหญ่ เพื่อเป็นอนุสรณ์ที่พระองค์เคยใช้เป็นสถานที่พักทัพ และระดมพลไปทำสงครามกอบกู้เอกราชจากทหารพม่าที่กรุงศรีอยุธยา เมื่อ ปีพ.ศ.2310 และทรงเรียกนามวัดใหม่ว่า วัดเสาธงหินตามลักษณะการตั้งธงนำทัพในขณะที่พักอยู่ที่วัดสัก
2) ชาวมอญเข้ามาตั้งถิ่นฐาน ปี พ.ศ.2317 พระยาเจ่ง พระยาอู่ พระยากลางเมือง ตละเกลี้ยง ตละเกล็บ เป็นหัวหน้าชาวมอญนำครัวมอญจำนวน 10000 คนเศษอพยพมาจากเมืองเมาะตะมะ เข้ามาขอพึ่งพระบรมโพธิสมภารสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โปรดเกล้าฯ ให้ตั้งบ้านเรือนอยู่ที่เมืองนนทบุรี ปัจจุบันคือ ตำบลท่าทราย อำเภอเมืองนนทบุรี ตำบลบางตลาด ตำบลเกาะเกร็ด(บ้านอ้อม บ้านบน บ้านล่าง) ตำบลบางพูด ตำบลบางตะไนย์ อำเภอปากเกร็ด สร้างวัดขึ้นพร้อมกับการตั้งชุมชนหลายวัด ได้แก่ วัดปากอ่าว วัดเชิงท่า วัดหน้าโบสถ์ วัดสนามเหนือ วัดกลางเกร็ด ย่านที่เป็นที่อยู่ของชาวมอญเหล่านี้ได้เป็นย่านการค้าขายเครื่องปั้นดินเผา อิฐมอญ และพระยาเจ่ง (ตันตระกูล คชเสนี)ได้เป็นทหารคนสำคัญในกองทัพของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช
2.สถานที่และเหตุการณ์ที่สำคัญ ที่เกิดขึ้นในสมัยกรุงธนบุรีมีดังนี้
สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชเสด็จรับพระแก้วมรกตที่บางธรณี เมืองนนทบุรี สมเด็จพระยามหากษัตริย์ศึกเป็นแม่ทัพไทยไปปราบกรุงศรีสัตนาคนหุต ครั้นเดินทางกลังได้อัญเชิญพระแก้วมรกตจากเมืองหลวงพระบางกลับมาด้วย สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ทรงทราบจึงได้เสด็จ ฯ มาตั้งพลับพลารอพระแก้วมรกตที่ริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันออกบริเวณบ้านบางธรณี(ปัจจุบัน คือ ตำบลท่าทราย) เมืองนนทบุรี ต่อมาสถานที่ตั้งพลับพลาดังกล่าวได้เป็นสถานที่ตั้งวัดตำหนักใต้ ตำบลท่าทราย อำเภอเมืองนนทบุรี