1. ด้านการศึกษา

ถึงแม้ว่าพระองค์จะทรงปฏิบัติหน้าที่ทางการศึกษา อยู่ในช่วงระยะเวลาสั้นเพียงประมาณ 3 ปี (พ.ศ. 2333 - 2335) แต่พระองค์ ทรงมีพระดำริริเริ่มเป็นเยี่ยมในพระกรณียกิจด้านนี้ ได้แก่

1) ทรงเริ่มงานจัดการศึกษาเป็นครั้งแรก เมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนสภาพ “โรงเรียนทหารมหาดเล็ก” ซึ่งเป็นโรงเรียนฝึกสอนวิชาทหารให้แก่นายร้อย นายสิบ ในกรมทหารมหาดเล็ก มาเป็นโรงเรียนสำหรับพลเรือน มีชื่อเรียกว่า “โรงเรียนพระตำหนักสวนกุหลาบ” และพระองค์ทรงดำรงตำแหน่งผู้จัดการโรงเรียน 

2) ในขณะที่ทรงดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมธรรมการ ได้ทรงจัดวางระเบียบการบริหารราชการของกรมและโรงเรียน กล่าวคือ ทรงวางระเบียบ ข้อบังคับตำแหน่งหน้าที่เสมียน พนักงาน ในการเข้ารับราชการ การเลื่อนตำแหน่ง ลาออก ลงโทษ ตลอดจนทรงกำหนดให้มีการตรวจสอบและรายงานผลตรวจโรงเรียนทั้งในกรุงและหัวเมืองของพนักงานด้วย 

3) ทรงขยายการศึกษาโดยอาศัย “วัด” ซึ่งเป็นสถานที่ถ่ายทอดวิชาความรู้ และอบรมศีลธรรมให้แก่ราษฎรมาแต่โบราณ และ “วัดมหรรณพาราม” เป็นโรงเรียนหลวงแห่งแรกที่ทรงจัดตั้งขึ้น ซึ่งการศึกษาลักษณะนี้ได้ขยายออกไปอย่างกว้างขวางทั่วกรุงเทพฯ ในเวลาต่อมา และเมื่อทรงปรับปรุงหลักสูตรและวิธีการสอน ตลอดจนจัดพิมพ์ตำราเรียนเรียบร้อยแล้ว ได้ทรงขยายการศึกษาออกไปสู่ราษฎรตามหัวเมืองต่าง ๆ โดยทรงจัดตั้งโรงเรียนหลวงขึ้นทั่วประเทศ เมื่อปี พ.ศ. 2435

4) ทรงริเริ่มจัดให้มีการตรวจสอบตำราเรียนและออกประกาศรับรอง ทั้งนี้ เพื่อให้นักเรียนมีความรู้ และความสามารถอย่างเหมาะสม และทรงกำหนดให้มีการปรับปรุงหลักสูตรตำราเรียนขึ้นใหม่ คือ ตำราแบบเรียนเร็ว

5) ทรงจัดตั้ง “โรงเรียนฝึกหัดข้าราชการพลเรือน” เมื่อ พ.ศ. 2442 ในขณะที่ทรงดำรงตำแหน่งเสนาบดีกระทรวงมหาดไทย ซึ่งต่อมา ใน พ.ศ. 2453 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนมหาดเล็ก” และเปลี่ยนเป็น “จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย” ในเวลาต่อมา

6) ทรงปรับปรุงและแก้ไขข้อบกพร่องต่าง ๆ ของหอพระสมุดวชิรญาณ ซึ่งเป็นหอสมุดแห่งเดียวในพระนคร เช่น ทรงกำหนดให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานจัดงบประมาณสำหรับซื้อหนังสือ กำหนดระเบียบวิธีการยืม และการเป็นสมาชิก เป็นต้น

      2. ด้านมหาดไทย

เป็นกิจการสำคัญยิ่งในการบริหารประเทศ พระองค์ทรงมีบทบาทสำคัญยิ่งในการก่อตั้งและปฏิรูปการจัดระเบียบการปกครอง ภายในประเทศ และการบริหารราชการของกระทรวงมหาดไทย ได้แก่

1) ทรงจัดการบังคับบัญชางานภายในกระทรวง ให้มีรูปแบบเป็นระบบราชการชัดเจนขึ้น มีลำดับขั้นการบังคับบัญชา มีการแบ่งงานและเลือกสรร ผู้มีความรู้ความสามารถเข้ารับราชการ โดยการจัดสอบคัดเลือก ตลอดจนออกระเบียบวินัยต่าง ๆ เช่น เลิกประเพณีให้ข้าราชการทำงานอยู่ที่บ้าน กำหนดให้มีการประชุมข้าราชการทุกวัน กำหนดเวลาการทำงาน ตลอดจนจัดระเบียบส่ง ร่าง เขียน และเก็บหนังสือราชการ เป็นต้น 

2) ทรงจัดระบบการปกครองส่วนภูมิภาค ซึ่งเรียกว่า “ระบบเทศาภิบาล” ได้เป็นผลสำเร็จ และนับว่าเป็นผลงานสำคัญที่สุดของพระองค์ โดยทรงรวมหัวเมืองต่าง ๆ จัดเข้าเป็น “มณฑล” และมี “ข้าหลวงเทศาภิบาล” เป็นผู้บังคับบัญชา อยู่ในอำนาจของเสนาบดีกระทรวงมหาดไทยอีกชั้นหนึ่ง สำหรับการแบ่งเขตย่อยลงไปเป็นจังหวัด อำเภอ ตำบล และหมู่บ้าน นั้น ใน พ.ศ. 2440 ได้ออก “พระราชบัญญัติลักษณะการปกครองท้องที่” บังคับใช้ทั่วพระราชอาณาจักร 

พระราชกรณียกิจด้านการปกครองส่วนท้องถิ่นที่สำคัญอีกประการหนึ่ง คือทรงริเริ่มจัดตั้ง “การสุขาภิบาลหัวเมือง” ในปี พ.ศ. 2448 โดยเริ่มที่ ตำบลท่าฉลอม จังหวัดสมุทรสาครเป็นแห่งแรก และนับเป็นการปูพื้นฐานการปกครองส่วนท้องถิ่นดังนั้น พระกรณียกิจด้านมหาดไทยทุกประการ จึงล้วนแต่เป็นคุณประโยชน์แก่ประเทศชาติและประชาชนยั่งยืนมาจนถึงปัจจุบัน

นอกจากพระราชกรณียกิจด้านการศึกษาและด้านมหาดไทยแล้ว พระองค์ยังทรงรับพระราชภาระจัดการและมีส่วนร่วมในการปรับปรุงกิจการด้านอื่น ๆ อีกหลายด้าน ได้แก่ ด้านการป่าไม้ ซึ่งทรงริเริ่มก่อตั้งกรมป่าไม้ขึ้น เพื่อให้หน่วยงานของรัฐได้เข้าไปควบคุมดูแลกิจการป่าไม้โดยตรง และทรงริเริ่ม ให้ดำเนินการออกพระราชบัญญัติ กฎกระทรวง และกฎข้อบังคับต่าง ๆ เพื่อเป็นผลประโยชน์ของกรมป่าไม้เป็นหลักสำคัญ และเป็นรากฐานในการ ปฏิบัติงานของกรมป่าไม้มาจนถึงปัจจุบัน ทรงริเริ่มการออกโฉนดที่ดิน

     3. ด้านสาธารณสุข

ทรงรับภาระในการจัดการโรงเรียนแพทย์ต่อจาก พระเจ้าน้องยาเธอ พระองค์เจ้าศรีเสาวภางค์ ทรงมีพระดำริริเริ่มให้มีโอสถศาลา สำหรับรับหน้าที่ผลิตยาแจกจ่ายให้ราษฎรในตำบลห่างไกล ซึ่งปัจจุบัน คือ สถานีอนามัย และทรงจัดตั้งปาสตุรสภา สถานที่ป้องกันโรคพิษสุนัขบ้า ซึ่งในปัจจุบันโอนไปอยู่ในสังกัดของสถานเสาวภา สภากาชาดไทย นอกจากนี้พระองค์ยังทรงรับพระภารกิจด้านงานสรรพากร และงานอุตสาหกรรมโลหกิจ ซึ่งเป็นแนวทางพัฒนางานมาจนถึงปัจจุบันด้วย 

     4. ด้านศิลปวัฒนธรรม

 ทรงริเริ่มและวางรากฐานการดำเนินงานของกิจการพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ หอสมุดแห่งชาติ และพระองค์ท่านก็ทรง อุทิศเวลา ทรงพระนิพนธ์หนังสือ ตำราต่าง ๆ ด้านประวัติศาสตร์และโบราณคดี อันเป็นมรดกทางปัญญาของชาวโลกมาจนกระทั่งทุกวันนี้ จนได้รับการยกย่องว่าเป็น บิดาทางโบราณคดีและประวัติศาสตร์ไทย