บางตำนานก็กล่าวว่า นานมาแล้วเข้าใจว่าเป็นสมัยกรุงศรี อายุตอนกลาง ในสมัยพระเจ้าบรมโกษฐ  มีบางตำนานได้กล่าวขานถึงสำนักพุทไธศวรรย์ ในอยุธยา ถึงความเกี่ยวพันธ์กันกับบึงพระอาจารย์ เพราะมีเกจิอาจารย์ที่มีวิชาอาคมขมังเวทย์เก่งกล้าทางไสยศาสตร์เช่นกัน ในบึงพระอาจารย์ แห่งนี้ในสมัยนั้นเป็นบึงขนาดใหญ่ ได้มีพระอาจารย์ รูปหนึ่งได้มาพำนักอยู่ริมบึง เป็นอาจารย์ที่มีอาคม เก่งกล้าจนเป็นที่เลื่องลือไปทั่ว ผู้คนที่เลื่องใสศรัทธาได้พากันเอาลูกหลานมาฝากเป็นลูกศักย์ บางคนก็บวชเป็นเณร บางคนก็ยังไม่ทันบวชเป็นเณร ข่าวคราวเรื่องพระอาจารย์มีวิชาขมังเวทย์เป็นที่ร่ำลือไปทั่วสารทิศ จึงมีทั้งคนที่เชื่อและไม่เชื่อ ลูกศิษย์ก็ได้นำความมาแจ้งแก่พระอาจารย์ เหล่าบรรดาลูกศิษย์จึงพากันคะยั้นคะยอให้พระอาจารย์ แปลงกายให้เหล่าชาวบ้านที่ไม่เชื่อได้เห็นเป็นบุญตา พระอาจารย์ ทนลูกศิษย์อ้อนวอนไม่ไหว จึงตั้งใจจะแปลงกายเป็นจระเข้ให้ลูกศิษย์และพวกชาวบ้านได้เห็น วันต่อมาพระอาจารย์ จึงนัดลูกศิษย์และชาวบ้านมาชุมนุมกันที่ประกอบพิธีกรรมริมบึงก่อนที่พระอาจารย์ บริกรรมคาถาแปลงกาย พระอาจารย์ ได้ทำน้ำมนต์ไว้ 1 โถ และสั่งบรรดาลูกศิษย์ไว้ว่า ถ้าพระอาจารย์ บริกรรมคาถาเสร็จแล้ว พระอาจารย์จะลงไปในน้ำ เมื่อพระอาจารย์ โผล่ขึ้นมาร่างของพระอาจารย์จะกลายเป็นจระเข้ เมื่อลูกศิษย์และพวกชาวบ้านได้เห็นแล้ว ก็ขอให้เอาน้ำมนต์ที่เตรียมไว้ในโถรดลงที่ตัวจระเข้ให้หมดโถ จระเข้ก็จะกลับร่างเป็นพระอาจารย์เช่นเดิม สั่งเสร็จ พระอาจารย์ก็บริกรรมคาถาแล้วก็เดินลงไปในน้ำ เหล่าลูกศิษย์และชาวบ้านก็จ้องมองอย่างใจจดใจจ่อ ไม่นานนักก็เห็นจระเข้าตัวใหญ่ โผล่ขึ้นมาเหนือน้ำ และค่อยๆ คลานเข้ามาหาเหล่าลูกศิษย์และชาวบ้านพวกชาวบ้านและลูกศิษย์บางคนก็มีสติสมาธิ บางคนก็ขาดสติสมาธิ ด้วยความกลั้ว ตกใจวิ่งกันชุลมุน ไปชนโต๊ะตั้งน้ำมนต์ของพระอาจารย์ หกแตกกระจาย เมื่อศิษย์บางคนที่ตั้งสติได้แต่ก็ไม่มีน้ำมนต์ที่จะรดร่างจระเข้ เหล่าศิษย์ก็จนปัญญา เพราะยังไม่มีใคร ได้ร่ำเรียนมนต์คาถาบทนี้เลย ในที่สุดพระอาจารย์ ก็ไม่สามารถจะกลับร่างเป็นพระอาจารย์ ได้จึงจำใจลงไปอยู่ในบึงน้ำใหญ่แห่งนี้และได้แสดงปาฏิหารให้ผู้คนที่สัญจรไปมาได้ เห็นเป็นจระเข้ใหญ่ลอยอยู่ในบึงนี้เป็นเนื่อง ๆ บึ่งนี้จึงได้ชื่อว่า บึงพระอาจารย์

ต่อมาคณะสงฆ์ ได้เดินธุดงค์มาเรื่อย ๆ จนพบบึงน้ำขนาดใหญ่ พระอาจารย์และลูกศิษย์ต้องการที่จะข้ามไปยังบึงชวดงูเห่า พระอาจารย์บอกกับลูกศิษย์ว่าตนจะทำพิธีแปลงกายเป็นจระเข้ เพื่อให้ลูกศิษย์เหยียบหลังจระเข้ เพื่อข้ามไปยังบึงชวดงูเห่า พระอาจารย์จึงแสดงปาฏิหาริย์แปลงกายเป็นจระเข้ตัวใหญ่ แต่ก่อนที่พระอาจารย์จะแปลงกาย ได้ทำน้ำมนต์ให้กับลูกศิษย์ไว้คอยราดหัวจระเข้ เพื่อให้กลับคืนร่างเป็นคนได้ และพระอาจารย์ได้แปลงร่างเป็นจระเข้ตัวใหญ่อยู่ในบึงน้ำลูกศิษย์เดินข้ามฝั่งไปจนเหลือเณรรูปสุดท้ายหลังจากเณรข้ามไปแล้ว จระเข้ใหญ่ก็ผงกหัวขึ้นเพื่อจะให้เณรเอาน้ำมนต์ที่เตรียมไว้ในบาตร ราดไปที่หัวจระเข้ เณรเกิดตกใจกลัวจึงทำขันน้ำมนต์หก ทำให้พระอาจารย์ไม่สามารถคืนกลับสู่ร่างเดิมได้ พระอาจารย์จึงแสดงปาฏิหาริย์ให้มีน้ำวนเกิดขึ้นในบึงนั้น ชาวบ้านจึงเรียกบึงน้ำนี้ว่า “บึงพระอาจารย์” และได้กลายมาเป็น “ตำบลพระอาจารย์” จนทุกวันนี้

บางตำนานก็กล่าวว่า นานมาแล้วเข้าใจว่าเป็นสมัยกรุงศรี อายุตอนกลาง ในสมัยพระเจ้าบรมโกษฐ     มีบางตำนานได้กล่าวขานถึงสำนักพุทไธศวรรย์ ในอยุธยา ถึงความเกี่ยวพันธ์กันกับบึงพระอาจารย์ เพราะมีเกจิอาจารย์ที่มีวิชาอาคมขมังเวทย์เก่งกล้าทางไสยศาสตร์เช่นกัน ในบึงพระอาจารย์ แห่งนี้ในสมัยนั้นเป็นบึงขนาดใหญ่ ได้มีพระอาจารย์ รูปหนึ่งได้มาพำนักอยู่ริมบึง เป็นอาจารย์ที่มีอาคม เก่งกล้าจนเป็นที่เลื่องลือไปทั่ว ผู้คนที่เลื่องใสศรัทธาได้พากันเอาลูกหลานมาฝากเป็นลูกศักย์ บางคนก็บวชเป็นเณร บางคนก็ยังไม่ทันบวชเป็นเณร ข่าวคราวเรื่องพระอาจารย์มีวิชาขมังเวทย์เป็นที่ร่ำลือไปทั่วสารทิศ จึงมีทั้งคนที่เชื่อและไม่เชื่อ ลูกศิษย์ก็ได้นำความมาแจ้งแก่พระอาจารย์ เหล่าบรรดาลูกศิษย์จึงพากันคะยั้นคะยอให้พระอาจารย์ แปลงกายให้เหล่าชาวบ้านที่ไม่เชื่อได้เห็นเป็นบุญตา พระอาจารย์ ทนลูกศิษย์อ้อนวอนไม่ไหว จึงตั้งใจจะแปลงกายเป็นจระเข้ให้ลูกศิษย์และพวกชาวบ้านได้เห็น วันต่อมาพระอาจารย์ จึงนัดลูกศิษย์และชาวบ้านมาชุมนุมกันที่ประกอบพิธีกรรมริมบึงก่อนที่พระอาจารย์ บริกรรมคาถาแปลงกาย พระอาจารย์ ได้ทำน้ำมนต์ไว้ 1 โถ และสั่งบรรดาลูกศิษย์ไว้ว่า ถ้าพระอาจารย์ บริกรรมคาถาเสร็จแล้ว พระอาจารย์จะลงไปในน้ำ เมื่อพระอาจารย์ โผล่ขึ้นมาร่างของพระอาจารย์จะกลายเป็นจระเข้ เมื่อลูกศิษย์และพวกชาวบ้านได้เห็นแล้ว ก็ขอให้เอาน้ำมนต์ที่เตรียมไว้ในโถรดลงที่ตัวจระเข้ให้หมดโถ จระเข้ก็จะกลับร่างเป็นพระอาจารย์เช่นเดิม สั่งเสร็จ พระอาจารย์ก็บริกรรมคาถาแล้วก็เดินลงไปในน้ำ เหล่าลูกศิษย์และชาวบ้านก็จ้องมองอย่างใจจดใจจ่อ ไม่นานนักก็เห็นจระเข้าตัวใหญ่ โผล่ขึ้นมาเหนือน้ำ และค่อยๆ คลานเข้ามาหาเหล่าลูกศิษย์และชาวบ้านพวกชาวบ้านและลูกศิษย์บางคนก็มีสติสมาธิ บางคนก็ขาดสติสมาธิ ด้วยความกลั้ว ตกใจวิ่งกันชุลมุน ไปชนโต๊ะตั้งน้ำมนต์ของพระอาจารย์ หกแตกกระจาย เมื่อศิษย์บางคนที่ตั้งสติได้แต่ก็ไม่มีน้ำมนต์ที่จะรดร่างจระเข้ เหล่าศิษย์ก็จนปัญญา เพราะยังไม่มีใคร ได้ร่ำเรียนมนต์คาถาบทนี้เลย ในที่สุดพระอาจารย์ ก็ไม่สามารถจะกลับร่างเป็นพระอาจารย์ ได้จึงจำใจลงไปอยู่ในบึงน้ำใหญ่แห่งนี้และได้แสดงปาฏิหารให้ผู้คนที่สัญจรไปมาได้ เห็นเป็นจระเข้ใหญ่ลอยอยู่ในบึงนี้เป็นเนื่อง ๆ บึ่งนี้จึงได้ชื่อว่า บึงพระอาจารย์ ต่อมาทางราชการได้มาบูรณะเมื่อปี 2542 โดยตั้งซื่อเป็นทางการว่า   บ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์ บึงพระอาจารย์ เมื่อคราวประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษกรัชกาลที่ 9 ในวันที่ 5 พฤษภาคม 2493 มี การนำน้ำในบึงนี้ไปทำพิธีสรงบูรธาภิเษก (พิธีรดน้ำพระเศียร ในงานราชาภิเษก หรือ พระราชพิธีอื่นๆ) เมื่อคราว 25 พุทธศตวรรษก็ได้นำดินในที่แห่งนี้ไปเข้าพิธีปลุกเสกด้วยในปี 2542 ได้มีการนำน้ำในบ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์บึงพระอาจารย์ทำน้ำพุทธมนต์ทูลเกล้าฯถวาย ในพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชม พรรษา 6 รอบของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลปัจจุบัน