Juhan Liivi nim Alatskivi Kool pakub lisaks PRÕK § 15 lõikes 3 toodud kohustuslikele õppeainetele ka valikaineid. Lõikes 3 sätestatule määratakse põhikooli I kooliastmes kaheksa, II kooliastmes kümne ja III kooliastmes nelja nädalatunni kasutamine kooli õppekavas.
I kooliastmes on kooli valikaineteks:
informaatika
STEM.
II kooliastmes on kooli valikaineteks:
informaatika
STEM
liiklusõpetus.
III kooliastmes on kooli valikaineteks:
informaatika
STEM
ettevõtlusõpetus.
Juhan Liivi nim Alatskivi Koolis õpitakse B-võõrkeelena vene või saksa keelt. Keelte valik on tehtud piirkonna kultuuritausta ja keelte reaalset kasutusvajadust (maailmas ja Euroopas) silmas pidades. B-võõrkeelt hakatakse õppima 6. klassis, B-võõrkeele valik tehakse 5. klassi lõpus.