Põhikoolis on õpe korraldatud õppeaastati. Õppeaasta kestab 1. septembrist järgmise aasta 31. augustini.
Õppeaasta koosneb trimestritest ja koolivaheaegadest. Trimestris on õpe korraldatud õppepäevadena. Õppepäevadel on õpilase õppetöö korraldatud õppetundidena.
Põhikoolis toimub õppetöö traditsioonilises aineõppesüsteemis (v.a I kooliastmes lõimitud kunstiõpetuse ja tööõpetuse ainekava).
Õppetundide jaotus klassiti määratakse Juhan Liivi nim Alatskivi Kooli tunnijaotusplaanis.
Õppetund jaguneb kaheks osaks: õpilase juhendamine õpetajaga vahetus kontaktis olles ja õpilase iseseisev õpe.
Iseseisev õpe on õpetaja poolt antud kindla eesmärgiga õpiülesande täitmine, mida õpetaja juhendab e-õppevahendeid kasutades (nt e-päevik, video, juhis eKoolis vms), millele õpilane saab tagasiside.
Kontaktõppe ja iseseisva õpiaja jaotus antud tundides on järgnev (ajalise jaotuse aluseks on Põhikooli- ja gümnaasiumiseaduses etteantud õppetunni arvestuslik pikkus 45 minutit):
1) pikk tund: 80 minutit õpetajaga vahetus kontaktis olles ja 10 minutit iseseisev õpiaeg, mis võib olla üheks koduse ülesande osaks toetamaks õpilaste ennastjuhtiva õppe oskusi. Pikkades tundides on liikumispausid (liikumine, mänguline tegevus, liikumisega seotud kordav ja harjutav ülesanne, individuaalne töö, grupitöö, paaristöö, terve klassi ülesanded jms);
2) lühike tund: 40 minutit õpetajaga vahetus kontaktis olles ja 5 minutit iseseisev õpiaeg, mis võib olla üheks koduse ülesande osaks toetamaks õpilaste ennastjuhtiva õppe oskusi.
Koolis on õpe korraldatud viisil, kus üldjuhul õpitakse kõiki õppeaineid kogu õppeaasta vältel.
Õppe- ja kasvatustöö võib toimuda erinevates vormides: õppetund, projektõpe, õppekäik, e-õppepäev, iseseisev õpe, distantsõpe või muu õppeprotsessis osalejatega kokkulepitud vorm.
Koolis õpetatakse A-võõrkeelena inglise keelt ning B-võõrkeelena vene ja saksa keelt.
2018. aastast alustas Alatskivi Kool loodusainete integreeritud õpetamist 1.-7. klassides. (STEM-tunnid). STEM-tunnid keskenduvad mitme õppeaine probleemi- ja/või projektipõhisele koosõpetamisele. Tunniplaan on koostatud nii, et vähemalt ühel korral nädalas on STEM-õppe ainete tunnid järjestikku (nt töö- ja tehnoloogiaõpetus, matemaatika, füüsika, loodusõpetus jne). Vajadusel ja võimalusel kaasatakse nendesse tundidesse teisi aineõpetajaid.
Lisaks õppetundidele on kooli päevakavas õpiabitunnid, ringitunnid, pikapäevarühma tegevus.
Põhikooli lõpueksami toimumise päeval ja vähemalt kolmel päeval enne seda õppetunde ei toimu. Lõpueksami toimumise päev ja sellele eelnenud kolm päeva arvatakse õppepäevade hulka.
Kool võib suvevaheajal korraldada täiendava õppega seotud tegevusi, arvestades, et põhiharidust omandavale õpilasele on tagatud vähemalt kümne järjestikuse nädala pikkune puhkus kõigist õppe ja eksamitega seotud tegevustest.
Koolil on päevakava, mis kajastab õppetegevuste ning kooli õppekava toetavate õppekavaväliste tegevuste järjestust ja ajalist kestust (sh tunniplaani). Kooli päevakavas määratakse õpilaste õppetöö korraldus õppepäevadel.