Una vez realizada la tinción, ya sea la de gram, esporas o ácido alcohol resistencia, las bacterias se pueden observar al microscopio con el objetivo de 100X.
Para ello en primer lugar nos aseguraremos que las bacterias teñidas están por el lado correcto, es decir hacia arriba, y una vez seco el portaobjetos le añadiremos una gota de aceite de inmersión en la zona donde se aprecie el colorante. Pondremos el portaobjetos sobre la platina de forma que el objetivo de 100X este en contacto con el aceite. Encenderemos la luz del microscopio y moveremos el macrómetro hasta conseguir ver color cuando miremos a través del los oculares. Nos podemos desplazar por la preparación en el eje X - Y con la rueda para tal fin. Una vez que veamos color enfocaremos de manera mas precisa haciendo uso del micrómetro.