El microscopio es una herramienta de gran importancia para la observación e identificación de los microorganismos. Debemos distinguir entre las técnicas para observación de microorganismos vivos y las preparaciones para tinción. Las tinciones ofrecen una información adicional a la simple observación de la morfología, ya que ponen de manifiesto características de la pared celular o la existencia de estructuras especiales, como las esporas bacterianas.
Para observar bacterias al microscopio se utiliza el objetivo de inmersión (máximo aumento). Para ello se coloca sobre la preparación una gota de aceite de inmersión. Para enfocar con este objetivo, colocar la preparación con el aceite en la platina del microscopio, aproximarla con el tornillo macrométrico MIRANDO DESDE FUERA, hasta que el objetivo toque el aceite.
Posteriormente, ya mirando por el ocular, hacer un enfoque grosero con ayuda del mismo tornillo. Cuando se aprecie una imagen más o menos clara, ajustar el enfoque con el tornillo micrométrico.