Análisis de secuencias

Objetivo:

Identificar la especie amplificada mediante el análisis de la secuencia obtenida por PCR.

Fundamento:

Las regiones variables del DNA ribosomal nos permiten identificar el microorganismo amplificado mediante comparación de la secuencia obtenida con una base de datos, por ejemplo la base de datos GenBank .

Realización de la práctica:

1. Entrar en la base de datos GenBank : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch

2. Cortar y pegar vuestra secuencia en la pagina.

3. Cambiar parámetros si fuese necesario y darle a BLAST. Puede tardar unos minutos en aparecer el resultado.

4. Ejemplo:

AAAGAAATTTAATAATTTTGAAAATGGATTTTTTTGTTTTGGCAAGAGCATGAGAGCTTTTACTGGGCAAGAAGACAAGAGATGGAGAGTCCAGCCGGGCCTGCGCTTAAGTGCGCGGTCTTGCTAGGCTTGTAAGTTTC TTTCTTGCTATTCCAAACGGTGAGAGATTTCTGTGCTTTTGTTATAGGACAATTAAAACCGTTTCAATACAACACACTGTGGAGTTTTCATATCTTTGCAACTTTTTCTTTGGGCATTCGAGCAATCGGGGCCCAGAGGT AACAAACACAAACAATTTTATCTATTCATTAAATTTTTGTCAAAAACAAGAATTTTCGTAACTGGAAATTTTAAAAATATTAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGC GATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCCCCCTTGGTATTCCAGGGGGCATGCCTGTTTGAGCGTCATTTCCTTCTCAAACATTCTGTTTGGTAGTGAGTGATACTCTTT GGAGTTAACTTGAAATTGCTGGCCTTTTCATTGGATGTTTTTTTTCCAAAGAGAGGTTTCTCTGCGTGCTTGAGGTATAATGCAAGTACGGTCGTTTTAGGTTTTACCAACTGCGGCTAATCTTTTTTATACTGAGCGTA TTGGAACGTTATCGATAAGAAGAGAGCGTCTAGGCAACAATGTTCTTAAAG

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